摘要：
1.ITK-医学图像处理软件包 ITK（ Insight Segmentation and Registration Toolkit）是美国国家卫生院下属的国立医学图书馆开发的一款医学图像处理软件包，是一个开源的、跨平台的影像分析扩展软件工具。 ITK的开发过程中采用了先进的多模态数据分割配准算法， 阅读全文
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1 sitk_ seg_ img = sitk . ReadImage( m ) 2 bbox =get_ bbox_ from mask(sitk_ seg_ _img) 3 4 def get_bbox_from_mask(bin_mask): 5 # One is : sitk.LabelSh 阅读全文
摘要：
深度学习分割结果可能有误分割的部分，包括孔洞、赘余、多连通域等。下面的例子是孔洞的样例。 常识告诉我们，这个器官内部是没有孔洞的，因此，我们通过后处理的方法把它填上,可以提高分割准确度。 这种三维孔洞，我们希望有一种便捷方法，可以直接填补这种三维孔洞。可以使用 SITK 的二值孔洞填补方法。 sit 阅读全文
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1、resampleSize这个重采样不是重采样Spacing ，却是重采样size，为了达到所有的数据一致的size 例如：(880, 880, 12) 采样统一的（880，880，16） 因为假如3DUnet网络数据设置了输入格式为(N, C, 16, xxx,xxx), 可以把每个数据的siz 阅读全文
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1、高斯混合模型 sklearn.mixture是一个能够学习高斯混合模型、抽样高斯模型和从数据中估计模型的包。同样，也提供了帮助决定正确组件数量的方法。 一个高斯混合模型是一个概率模型，它假设所有的数据点是从有限未知参数的高斯分布的混合生成的。可以将混合模型当作泛化的k均值聚类，以融合关于数据协方 阅读全文
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这个表达式看起来就是点的平移公式。 1 # -*- coding : UTF-8 -*- 2 # @file : resample_change_direction.py 3 # @Time : 2022-02-14 16:19 4 # @Author : wmz 5 import os 6 imp 阅读全文
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1、代码 1 #include "itkImage.h" 2 #include "itkImageFileReader.h" 3 #include "itkSignedMaurerDistanceMapImageFilter.h" 4 5 #include "itksys/SystemTools.h 阅读全文
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通过LabelGeometryImageFilter可以求Label Image各个区域的质心和BoundingBox。然而，如果图像的spacing不是1，它并不会考虑进去，因此得到的结果并未我们所愿的。针对这个问题，有人实现了相关的模块(itkOBBLabelMap)，可以解决这个问题，将其添加 阅读全文
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1、代码 1 #include "itkConnectedComponentImageFilter.h" 2 #include "itkImage.h" 3 #include "itkImageFileReader.h" 4 #include "itkImageFileWriter.h" 5 #in 阅读全文
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1、CMakeLists.txt 1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8 FATAL_ERROR) 2 project(testfilter) 3 set(ITK_DIR D:/ProgramFiles/ITK-5.2/lib/cmake/ITK-5.2) 4 5 阅读全文
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连通域 一个区域D中，任一闭曲线所围区域，都属于区域D，称为“单连通区域”。 连通域形状分析 创建二值图像 1 using ImageType = itk::Image<unsigned char, 2>; 2 3 ImageType::Pointer CreateMaskImage() 4 { 5 阅读全文
摘要：
最大圆度概念：圆度计算(Circularity,Roundness) 1 Roundness = (4 * CV_PI * Area) / (Perimeter * Perimeter ) 2 double getRoundness(std::vector<cv::Point> contour) 3 阅读全文
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SimpleITK 图像配准 在网上找的资源，效果不佳，等清楚了函数和原理再细改，调试效果。 1 # -*- coding : UTF-8 -*- 2 # @file : regist.py 3 # @Time : 2021-11-12 17:00 4 # @Author : wmz 5 6 imp 阅读全文
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1、去除3D 小连通域 在一些计算机视觉任务中，需要对模型的输出做一些后处理以优化视觉效果，连通域就是一种常见的后处理方式。尤其对于分割任务，有时的输出mask会存在一些假阳（小的无用轮廓），通过3D连通域找出面积较小的独立轮廓并去除可以有效地提升视觉效果。 二维图像连通域一般包括 4连通、8连通。 阅读全文
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1、读写nii.gz文件 1 ## using simpleITK to load and save data. 2 import SimpleITK as sitk 3 itk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz') 4 img = sitk.GetArray 阅读全文
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1、使用SimpleITK对齐图像在看voxelmorph的代码，看到图像对齐部分，记录一下。下面是从voxelmorph项目中截取的一段保存图像的函数。函数输入分别是：配准后的图像、固定图像、要将配准图像保存的名字。将图像对齐的操作需要将对齐的图像的原点、方向、间距设置成与 被对齐的图像一致。 1 阅读全文
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3D slicer, MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，但是我们还是习惯于操作NIFTI格式的数据，于是就有了NRRD转换成NIFTI的需求。 之前自己有一个比较笨的方法，就是将NRRD图像导入到MITK软件中，然后再另存成NIFTI的数据。如果数据少，还可以接受。但是当数据比较多 阅读全文
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第一个ITK程序 1、CMakeLists.txt 1 # This is the root ITK CMakeLists file. 2 cmake_minimum_required(VERSION 3.10) 3 4 # This project is designed to be built 阅读全文
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SimpleITK ITK是一个开源、跨平台的框架，提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件（推荐使用）。 Note:注意SimpleITK不支持中文，即路径中不能有中文 X射线图像对应的读取 1 # @file : itk_p1.py 2 # @Time : 2021/8/28 16:27 3 # 阅读全文
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三维图像切面提取 切片（Slice）或切面是三维图像比较常用的概念，尤其在医学图像中。通过提取切面可以方便地浏览和分析图像内部组织结构。VTK中vtkImageReSlice类可以实现图像切面的提取。在实际开发中，四视图中冠状视面、矢状面和横断面（显示过图像内部一点且平行于XY、YZ、XZ平面的平面 阅读全文