一杯清酒邀明月
天下本无事,庸人扰之而烦耳。

深度学习分割结果可能有误分割的部分,包括孔洞、赘余、多连通域等。
下面的例子是孔洞的样例。

常识告诉我们,这个器官内部是没有孔洞的,因此,我们通过后处理的方法把它填上,可以提高分割准确度。

这种三维孔洞,我们希望有一种便捷方法,可以直接填补这种三维孔洞。可以使用 SITK 的二值孔洞填补方法。 sitk.BinaryFillhole

sitk.BinaryFillhole
注意: 该函数只针对二值图像(值为0或1)

 1 import SimpleITK as sitk
 2 import os
 3 import glob
 4 
 5 imglist= glob.glob('./*.nii.gz')
 6 save_dir = './fillhole'
 7 
 8 for img in imglist:
 9     img_nii = sitk.ReadImage(img, outputPixelType=sitk.sitkUInt16)
10     img_fill = sitk.BinaryFillhole(img_nii)
11     img_savedir = os.path.join(save_dir, img.split('/')[-1])
12 
13     sitk.WriteImage(img_fill, img_savedir)

该例子显示了如何批量填补孔洞,并且保存下来。

处理后已经不存在孔洞。

 

posted on 2023-07-13 14:53  一杯清酒邀明月  阅读(135)  评论(0编辑  收藏  举报