SimpleITK 读取医学影像文件

SimpleITK

ITK是一个开源、跨平台的框架，提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件（推荐使用）。

Note:注意SimpleITK不支持中文，即路径中不能有中文

X射线图像对应的读取

# @file   : itk_p1.py
# @Time   : 2021/8/28 16:27
# @Author : wmz
import SimpleITK as sitk
filename = '1.dcm'
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print(img_array.shape)

# 输出：（对应信息：frame_num, width, height）注意：img_array对应的是图像的矩阵信息

# (1, 512, 512)

推荐用法：

# -*- coding : UTF-8 -*-
# @file   : itk_p2.py
# @Time   : 2021/8/28 19:43
# @Author : wmz

import SimpleITK as sitk
# 推荐用法
filename = '1.dcm'
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)[0]
print(img_array.shape)

 CT图像的读取

import SimpleITK as sitk
filename = '*.mhd'
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print(img_array.shape)
输出：（对应信息：frame_num, width, height）帧参数：frame_num，代表CT扫描层数注意：img_array对应的是图像的矩阵信息

(133, 512, 512)

将CT影像拆分成多个单幅图像

方法一：

import SimpleITK as sitk
import cv2
filename = '*.mhd'
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
frame_num, width, height = img_array.shape
outpath = 'F:/data/LUNA16'#存放拆分得到的图像路径
index = -1
for img_item in img_array:
    index = index + 1
    cv2.imwrite("%s/%d.png" % (outpath, index), img_item)
print("done!")

方法二：

import SimpleITK as sitk
import os
import cv2
filename = '*.mhd'
path = 'F:/data/LUNA16'   #存放拆分得到图像的路径
itk_img = sitk.ReadImage(filename)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
for i, im in enumerate(img_array):
  cv2.imwrite(os.path.join(path, '{}.png'.format(i)), im)

如下图所示是CT影像拆分出来的部分图像。拆分得到的图像大小均为512*512，总数是：frame_num张。