OpenSlide使用教程

　　WSI(Whole-Slide-Image)的病理切片大小为几十M到几G不等，原图像素点可达到上亿，常规的python图像读取方式无法直接处理。因此，openslide的使用，可以还原金字塔构建、生成tiles、指定区域切片提取等。
本文是自己在学习和实验中用过的openslide的常用方法的总结。
官网链接： https://openslide.org/api/python/

1、level_count属性
病理图为金字塔结构，level_count属性是获取svs有多少层。在svs中存储了每一层采样的tiles。一般情况下Level0为原图，也就是highest resolution，然后每一级进行下采样，level_count -1为lowest resolution。

import openslide as opslide

#读取svs格式的病理图
slide = opslide.open_slide('../WSI/HobI17-092737210733.svs')
level_count = slide.level_count
print('level_count: ', level_count)

level_count: 3

2、level_dimensions
获取宽高

level_dim = slide.level_dimensions
print('level_dim: ', level_dim)
l = len(level_dim)
print('l: ',l)
wh = np.zeros((l, 2))
for i in range(l):
    print('level: ', i)
    wh[i, :] = level_dim[i]
    print('w: ', wh[i,0], ' ,h: ', wh[i,1])

level_dim: ((25895, 31579), (6473, 7894), (1618, 1973))
l: 3
level: 0
w: 25895.0 ,h: 31579.0
level: 1
w: 6473.0 ,h: 7894.0
level: 2
w: 1618.0 ,h: 1973.0

由此可以看出每次的下采样为4。