3D Slicer 图像分割标注教程

在3D Slicer(4.10.1)中进行三维体数据的图像分割标注。
扩展教程：
3D Slicer - 医学图像检测标注教程(矩形框)
3D Slicer - 医学图像检测标注教程(导入查看标签与修改标签)

1. 读取数据

三维体数据一般为DICOM格式或者NIFIT格式，
DICOM：
将包含.dcm文件序列的文件夹拖入3D Slicer，或者点击左上角的dcm图标：

在DICOM Browser Import，导入.dcm序列后，examime and load：

NIFIT：
直接将.nii文件拖入3D Slicer即可。

2. 勾画标签

1. 选择Segmentations模块，点击"Create new Segmentation"：

Create之后可以通过Rename修改名字。
2. 添加Segment：
点击Edit selected之后，会到Segment Editor模块。
3. 编辑Segment:
双击Segment的Color可修改颜色，双击Name可修改名字。

通过Effects下的不同工具可在体数据的三个视图上勾画label：

点击Show details查看各个工具的使用方法。点击show 3D可显示segment三维图。

3. 保存标签

勾画label完成后，切换到Data模块，可以看到刚刚所勾画的label：

注意，有多个Segment的时候，若只想保存其中一个，则需要将其他的Segment设为不可见，即关闭Segment右侧的小眼睛。每次保存的是同级目录下的所有设为可视的Segment。

选中想要保存的segment，右键，选择"Export visible segments to binary labelmap"，再选中出现的labelmap:

右键，选择"Export to DIOCM…"，选择路径进行保存。保存为DICOM格式后，也可以重新打开，然后将其保存为NIFIT格式。

3. 显示多个标签

将原始体数据和多个label的.nii同时打开，然后在Segment模块中，首先新建一个Segmentation，然后为每一个label添加一个Segment，具体方法为：

• 选中一个Segment；
• 选择labeld对应的Volume；
• 点击Threshold工具；
• 设置高低阈值为label的值（可将鼠标在右侧可视化图中移动，左下角会显示当前鼠标位置的灰度值）；
• 点击apply。
  
  为每个label都添加Segment并apply之后，可以在右侧看到不同label的可视化图：
  
  将Master Volume切换为原始体数据：
  就可以看到label在原始体数据上的叠加效果：