摘要：
下载pyfaidx pip install pyfaidx faidx all.fa -i chromsizes > all.size 得到的图
阅读全文
posted @ 2021-11-27 10:35
焦糖可丽饼
阅读(170)
推荐(0)
摘要：
蛋白去重：cd-hit cd-hit -i pro.fa -o new.fa -c 0.9 -aS 0.8 -d 0
阅读全文
posted @ 2021-11-26 15:09
焦糖可丽饼
阅读(40)
推荐(0)
摘要：
人类基因组中的变异和人类的演化、疾病风险等方面都有着密切的联系。当前二代短读长高通量测序技术（NGS），虽然能够让测序成本大大降低，但这种短读长的测序方法也给基因组的变异检测（特别是结构性变异检测）带来了不小的挑战。SNP和Indel大家应该都见得比较多了，因此在这篇文章里我将主要讨论常见结构性变异
阅读全文
posted @ 2021-11-19 09:24
焦糖可丽饼
阅读(939)
推荐(0)
摘要：
makeblastdb -in ref.nbs.plant.fa -dbtype prot -out blastdb blastp -num_threads 20 -db blastdb -query Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -outfmt 7
阅读全文
posted @ 2021-11-18 23:23
焦糖可丽饼
阅读(61)
推荐(0)
摘要：
下载植物gff、cds、dna、pep pfam中下载hmm模型 搜索基因家族并以1e-20筛选 hmmsearch --cut_tc --domtblout NBS-ABC.out NBS-ARC.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa grep -v
阅读全文
posted @ 2021-11-18 23:18
焦糖可丽饼
阅读(583)
推荐(0)
摘要：
首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。 数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术对这些区域进
阅读全文
posted @ 2021-11-18 17:43
焦糖可丽饼
阅读(915)
推荐(0)
摘要：
又是一篇转载，最近在学相关知识 RNA测序并不能直接使用DNA测序常用的BWA、Bowtie等比对软件，这是由于真核生物内含子的存在，导致测到的reads并不与基因组序列完全一致（如下图所示），因此需要使用Tophat/HISAT/STAR等专门为RNA测序设计的软件进行比对。 基因组比对： Top
阅读全文
posted @ 2021-11-18 17:16
焦糖可丽饼
阅读(552)
推荐(0)
摘要：
中午试了很久aspera下载ncbi的数据，但是ncbi上的网址已经在2019年后不能用了 所以改成ena的网址，可以实现快速下载 将需要下载的文献在 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 找到下载地址 整理成这样的格式：era-fasp@fasp.sra.e
阅读全文
posted @ 2021-11-17 23:08
焦糖可丽饼
阅读(189)
推荐(0)
摘要：
转载来自https://zhuanlan.zhihu.com/p/393674599 写的非常好 怕找不到留着自己看！如果作者不同意我会删除。 前言 接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种： Stark et al. Nat Re
阅读全文
posted @ 2021-11-17 23:05
焦糖可丽饼
阅读(12903)
推荐(1)
摘要：
最近在研究转录本，现在在下载数据，想起来自己有一个博客，就暂且来这里更新一下内容。 要想对转录本进行定量，首先需要下载它的转录组数据，将别人上传的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 prefetch --option-file wheat.txt 下载后通过sratoolkits将sr
阅读全文
posted @ 2021-11-14 20:48
焦糖可丽饼
阅读(1186)
推荐(0)
