摘要：
makeblastdb -in ref.nbs.plant.fa -dbtype prot -out blastdb blastp -num_threads 20 -db blastdb -query Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -outfmt 7 阅读全文
摘要：
下载植物gff、cds、dna、pep pfam中下载hmm模型 搜索基因家族并以1e-20筛选 hmmsearch --cut_tc --domtblout NBS-ABC.out NBS-ARC.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa grep -v 阅读全文
摘要：
首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。 数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术对这些区域进 阅读全文
摘要：
又是一篇转载，最近在学相关知识 RNA测序并不能直接使用DNA测序常用的BWA、Bowtie等比对软件，这是由于真核生物内含子的存在，导致测到的reads并不与基因组序列完全一致（如下图所示），因此需要使用Tophat/HISAT/STAR等专门为RNA测序设计的软件进行比对。 基因组比对： Top 阅读全文