生信学习 - 随笔分类 - 焦糖可丽饼

转载：ReportLab生成带表格和图文的PDF

摘要：转载来自于：https://zhuanlan.zhihu.com/p/456486769 龙在天涯项目环境：环境：Anaconda Python 3.10 编辑器：PyCharm 2021.2.3 Packages：Reportlab 3.6.2 ReportLab简介 “This is a s 阅读全文

posted @ 2023-12-08 14:01 焦糖可丽饼阅读(232) 评论(0) 推荐(0)

excel常用公式

摘要：当想要多个数字只保留固定几位小数时，公式floor（B2，0.01）得到小数后两位阅读全文

posted @ 2022-03-14 21:01 焦糖可丽饼阅读(87) 评论(0) 推荐(0)

linux改名字和截取部分文件名

摘要：来源于： https://www.cnblogs.com/lyq863987322/p/8004618.html https://www.cnblogs.com/ApolloZ/p/11618303.html#:~:text=linux%20%E6%8F%90%E5%8F%96%E6%96%87%E 阅读全文

posted @ 2022-03-01 22:32 焦糖可丽饼阅读(1580) 评论(1) 推荐(0)

重复行

摘要：去除重复行sort file |uniq查找非重复行sort file |uniq -u查找重复行sort file |uniq -d统计sort file | uniq -c 阅读全文

posted @ 2022-02-11 22:00 焦糖可丽饼阅读(26) 评论(0) 推荐(0)

linux正则表达式

摘要：grep 1.搜寻特定字符串"the"注: n为显示行号复制代码代码如下: # grep -n 'the' regular_express.txt 2.反向搜寻特定字符串"the" 复制代码代码如下: # grep -vn 'the' regular_express.txt 3.取得任意大小写阅读全文

posted @ 2021-12-11 10:16 焦糖可丽饼阅读(300) 评论(0) 推荐(0)

mafft+phylosuite+raxml

摘要：构建系统发育树有参考《Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution》最后决定用mafft+phylosuite+raxml 首先需要将序列进行比对在这里使用mafft conda 阅读全文

posted @ 2021-11-29 22:05 焦糖可丽饼阅读(1771) 评论(0) 推荐(0)

如何快速统计基因组染色体长度

摘要：下载pyfaidx pip install pyfaidx faidx all.fa -i chromsizes > all.size 得到的图阅读全文

posted @ 2021-11-27 10:35 焦糖可丽饼阅读(171) 评论(0) 推荐(0)

一些实用软件

摘要：蛋白去重：cd-hit cd-hit -i pro.fa -o new.fa -c 0.9 -aS 0.8 -d 0 阅读全文

posted @ 2021-11-26 15:09 焦糖可丽饼阅读(40) 评论(0) 推荐(0)

基因组结构性变异检测的方法及DNA-seq（转载）

摘要：人类基因组中的变异和人类的演化、疾病风险等方面都有着密切的联系。当前二代短读长高通量测序技术（NGS），虽然能够让测序成本大大降低，但这种短读长的测序方法也给基因组的变异检测（特别是结构性变异检测）带来了不小的挑战。SNP和Indel大家应该都见得比较多了，因此在这篇文章里我将主要讨论常见结构性变异阅读全文

posted @ 2021-11-19 09:24 焦糖可丽饼阅读(1001) 评论(0) 推荐(0)

本地blast

摘要：makeblastdb -in ref.nbs.plant.fa -dbtype prot -out blastdb blastp -num_threads 20 -db blastdb -query Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -outfmt 7 阅读全文

posted @ 2021-11-18 23:23 焦糖可丽饼阅读(62) 评论(0) 推荐(0)

构建hmm模型

摘要：下载植物gff、cds、dna、pep pfam中下载hmm模型搜索基因家族并以1e-20筛选 hmmsearch --cut_tc --domtblout NBS-ABC.out NBS-ARC.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa grep -v 阅读全文

posted @ 2021-11-18 23:18 焦糖可丽饼阅读(603) 评论(0) 推荐(0)

eQTL（转载）

摘要：首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术对这些区域进阅读全文

posted @ 2021-11-18 17:43 焦糖可丽饼阅读(959) 评论(0) 推荐(0)

RNA-seq比对组装与定量软件现状（转载）

摘要：又是一篇转载，最近在学相关知识 RNA测序并不能直接使用DNA测序常用的BWA、Bowtie等比对软件，这是由于真核生物内含子的存在，导致测到的reads并不与基因组序列完全一致（如下图所示），因此需要使用Tophat/HISAT/STAR等专门为RNA测序设计的软件进行比对。基因组比对： Top 阅读全文

posted @ 2021-11-18 17:16 焦糖可丽饼阅读(582) 评论(0) 推荐(0)

快速下载sra文件

摘要：中午试了很久aspera下载ncbi的数据，但是ncbi上的网址已经在2019年后不能用了所以改成ena的网址，可以实现快速下载将需要下载的文献在 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 找到下载地址整理成这样的格式：era-fasp@fasp.sra.e 阅读全文

posted @ 2021-11-17 23:08 焦糖可丽饼阅读(191) 评论(0) 推荐(0)

完整转录组分析（整理）

摘要：转载来自https://zhuanlan.zhihu.com/p/393674599 写的非常好怕找不到留着自己看！如果作者不同意我会删除。前言接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种： Stark et al. Nat Re 阅读全文

posted @ 2021-11-17 23:05 焦糖可丽饼阅读(13377) 评论(0) 推荐(1)

rsem对转录本进行定量

摘要：最近在研究转录本，现在在下载数据，想起来自己有一个博客，就暂且来这里更新一下内容。要想对转录本进行定量，首先需要下载它的转录组数据，将别人上传的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 prefetch --option-file wheat.txt 下载后通过sratoolkits将sr 阅读全文

posted @ 2021-11-14 20:48 焦糖可丽饼阅读(1231) 评论(0) 推荐(0)

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