摘要：
20230303:心磷脂解析 心磷脂四条链解析 这篇文献用的DDA方法,MS1数据用于心磷脂的定性和定量,MS2数据用于提取和解析PA的profiles.一个心磷脂在二级中会被打碎,会从下面这三个位置上打碎,所以一个经CL打碎生成的PA会有三个m/z. 步骤: 1. 使用MZmine2处理mzM 阅读全文
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20230301:质谱解卷积 质谱信号根本就没有卷积，解卷积也无从谈起，但因为Colby这篇文章，后面三十年大家就都默认了解卷积等同于重构质谱峰的意义了。不过在蛋白质质谱领域，解卷积还有另外一个概念，就是把多电荷峰反解回分子量，此处最流行的是一种利用最大似然度求解的maxent算法，同样也跟卷积的原 阅读全文
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20230228:mzR,Norm,Regression mzR: mzML格式读取是使用proteowizard C++库. 常用函数:读入数据的openMSfile，提取数据矩阵的header以及提取峰图谱的peaks Norm范数 L0 Norm:c(0,0)的L0 Norm等于0,c(1,0 阅读全文
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20230222: 质谱文件 质谱文件: mzData:非常灵活,甚至过于灵活 mzXML:简单固定,但是不够灵活 mzML:灵活且稳定,受欢迎 学习时长: 阅读全文
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20230221:purr包 GSEA pandas purr的map_*函数的使用 DF = List1 %>% names %>% map_dfr(function(x){ #把List1转化成DataFrame的格式, map_dfr是把结果都按行合并起来. return (data.fram 阅读全文
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20230220:tibble gseDO and limma R的tibble格式数据需要转成dataframe才能去除格式,得到某一列纯粹的数据 gseDO是DOSE包里面的函数,用于 Disease Ontology (DO) 分析和富集分析 Q：为什么将FPKM转换为TPM去做转录组差异分析 阅读全文
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20230217 R的匿名函数 (function(x, y){ z <- x^2 + y^2; return (x+y+z) })(0:7,1) #[1] 2 4 8 14 22 32 44 58 给R的list添加新的元素的时候,需要用双括号,用单括号容易报错| list1[['firstEle 阅读全文