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20230410:Bert Huggingface 今天运行python -c 'from transformers import TFBertForTokenClassification'的时候有一个报错: Could not load dynamic library 'libcudart.so. 阅读全文
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20230407:tensorflow transformer tf.name_scope: 这个函数会规定对象和操作属于那个范围,但是不会对“对象”的“作用域”产生任何影响,也就是不是全局变和局部变量的概念. 这个东西有很多种用法: with tf.name_scope("loss"): #这个名 阅读全文
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20230403:yum yum provides :是反查询，用于搜索某个文件在哪个软件包里面。 rpm 与 yum 的区别 rpm 软件包之间的依赖性问题往往会很繁琐,尤其是软件由多个 rpm 包组成时。 yum 基于 RPM 包管理，能够从指定的服务器自动下载 RPM 包并且安装，可以自动处理 阅读全文
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20230328:pycharmDebug 今天学了pycharm的debug,非常有用,主要是上面几个键. 阅读全文
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20230323:Bert视频学习 B站视频 RNN 这个东西不能并行运算,所以翻译的时候需要用Transformer,这样输出结果是同时被计算出来的.并且Transformer有注意力机制进行并行计算 Transformer 输入如何编码? 输出结果是什么? Attention的目的? 怎样组合在 阅读全文
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20230322:Bert安装与使用 Bert安装与使用 安装教程:地址 需要python版本大于等于3.5, tensorflow版本大于等于1.10.1,但是我经过测试发现,3.7.6版本不行,报错说缺少glib23,只能是使用这个教程的方法. R的一个function: file.path,用 阅读全文
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20230321:Bert Bert 词嵌入(word embedding): 词嵌入是词的表示. 是一种词的类型表示，具有相似意义的词具有相似的表示，是将词汇映射到实数向量的方法总称。 之所以希望把每个单词都变成一个向量，目的还是为了方便计算，比如“猫”，“狗”，“爱情”三个词。对于我们人而言，我 阅读全文
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20230316:转录组测序 转录组测序数据分析 最根本的是基础知识,不然给你数据你都不知道是干啥的.要多看综述,并且要多看几遍. 下载GEO数据之前,需要先下载参考基因组数据.可以在三个平台上下载:ucsc,ncbi和ensemble,使用下面的检索式在搜索引擎中检索: hg38 ftp ucsc 阅读全文
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20230308:PNSA代码解析 PNAS和YF代码比较 | 特征 | PNAS | YF | | | | | | 输入数据 | DDA | DIA | | 算法 | 线性回归 | LASSO | | FA数据 | | | If we want to issue a package, what i 阅读全文
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20230306:培养基 细菌培养基 M9培养基和lb培养基. 细菌对数生长期(logarithmic growth phase) 微生物生长曲线完整周期示意图 测试原理是:不同的细菌个数对光的反射和折射不同,导致吸光系数不同,进而测量细菌不同生长状态下的OD值. Molecular struc 阅读全文
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20230303:心磷脂解析 心磷脂四条链解析 这篇文献用的DDA方法,MS1数据用于心磷脂的定性和定量,MS2数据用于提取和解析PA的profiles.一个心磷脂在二级中会被打碎,会从下面这三个位置上打碎,所以一个经CL打碎生成的PA会有三个m/z. 步骤: 1. 使用MZmine2处理mzM 阅读全文
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20230301:质谱解卷积 质谱信号根本就没有卷积，解卷积也无从谈起，但因为Colby这篇文章，后面三十年大家就都默认了解卷积等同于重构质谱峰的意义了。不过在蛋白质质谱领域，解卷积还有另外一个概念，就是把多电荷峰反解回分子量，此处最流行的是一种利用最大似然度求解的maxent算法，同样也跟卷积的原 阅读全文
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20230228:mzR,Norm,Regression mzR: mzML格式读取是使用proteowizard C++库. 常用函数:读入数据的openMSfile，提取数据矩阵的header以及提取峰图谱的peaks Norm范数 L0 Norm:c(0,0)的L0 Norm等于0,c(1,0 阅读全文
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20230222: 质谱文件 质谱文件: mzData:非常灵活,甚至过于灵活 mzXML:简单固定,但是不够灵活 mzML:灵活且稳定,受欢迎 学习时长: 阅读全文
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20230221:purr包 GSEA pandas purr的map_*函数的使用 DF = List1 %>% names %>% map_dfr(function(x){ #把List1转化成DataFrame的格式, map_dfr是把结果都按行合并起来. return (data.fram 阅读全文
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20230220:tibble gseDO and limma R的tibble格式数据需要转成dataframe才能去除格式,得到某一列纯粹的数据 gseDO是DOSE包里面的函数,用于 Disease Ontology (DO) 分析和富集分析 Q：为什么将FPKM转换为TPM去做转录组差异分析 阅读全文
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20230217 R的匿名函数 (function(x, y){ z <- x^2 + y^2; return (x+y+z) })(0:7,1) #[1] 2 4 8 14 22 32 44 58 给R的list添加新的元素的时候,需要用双括号,用单括号容易报错| list1[['firstEle 阅读全文