别人处理二代测序的流程

 做了基因组研究的summary,请各位大老帮忙看看，GCE评估180M(二倍体)，杂合率为0.0119/21kmer,用ALLPATH-LG的ErrorCorrectReads.pl进行评估83M(单倍体)，SNP率1/48,接着用canu进行组装，组装出165M的基因组，(1)直接进行FinisherSC和pilon进行升级，得150M基因组，用二代reads进行回帖，99.2%的回帖率，BUSCO 96.9%的完整率。
(2)得到canu的结果后，使用HaploMerger2获得单倍体93M，接着用FinisherSC和pilon进行升级，得到91M的基因组~二代回帖92%,BUSCO评估95.8%

我要先做比较基因组的东西，NCBI中已有上传的基因组为子实体测序(单倍体)，我打算用(2)所得的单倍体基因组进行比较
我们还测菌索，和菌丝的RNA-seq，为了兼顾杂合率，我们用的(1)所得基因组进行基因预测，然后使用预测的GTF文件进行定量差异表达分析，然后GO富集，KEGG富集等分析

我有的疑问在于我用得到的单倍体基因组进行比较基因组学可以吗？
我用二倍体的基因组进行RNA-seq，因为二倍体组装多少会把一些纯合位点合并，那么并不是所有基因都是二倍的，会对差异基因寻找，GO富集，KEGG，等有影响吗？