随笔分类 - Bioinformatics
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摘要：TCGA数据库的挖掘工具 TCGA数据库的挖掘工具层出不穷，从数据下载到数据挖掘，这里marker整理一份官网的数据挖掘工具大全： http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储了TCGA病人
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摘要：说明 核酸序列打分算法脚本,基于动态规划进行双序列全局比对,得到两条DNA序列的相似度并打分,但程序还有一些问题,在匹配长序列的时候还不够完善.(20年初写的放在简书上,这次copy到博客园,欢迎访问我的简书:https://www.jianshu.com/p/6bedaa9f6de1) 环境 Li
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摘要：做了基因组研究的summary,请各位大老帮忙看看，GCE评估180M(二倍体)，杂合率为0.0119/21kmer,用ALLPATH-LG的ErrorCorrectReads.pl进行评估83M(单倍体)，SNP率1/48,接着用canu进行组装，组装出165M的基因组，(1)直接进行Finish
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摘要：1、 Bioconda是一个自动化管理生物信息软件的工具，就像APPstore、360软件管家一样。 Bioconda的优点是安装简单，各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离，非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境 1.下载和安装miniconda bioconda的使用首先需要安装minico
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摘要：hash 一、关联数组的形式 %h=('a',1,'b',2); a是key 1是value b是key 2是value 以%开头，()为空散列 %h=('a'=>1,'b'=>2); 更明显一些 用这个还可以省略引号 但默认全部都是字符串 当有数字的时候就不是你的本意了 元素形式：$h{'a'}
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摘要：转录组背景知识 1、测序平台有哪些 Roche 454 illumina ABI 2、有参无参 有参是指我们研究的这个物种已经有比较完善的参考基因组了，这个时候只需要把RNA-cl数据比对到基因组，然后进行后续的组装、定量分析就好。 但有些研究较少的物种或新物种是不存在参考基因组的，这时候就需要用到
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摘要：生物信息学常用的在线网站及数据库汇总 汇总一下这两年发的常用的在线网站及数据库的介绍，小伙伴们可以收藏了！ 最新转录因子数据库及软件汇总 齐全的生物信息学常用网站汇总 必须要清楚的生物信息学数据库！ 人类癌症体细胞突变影响的数据库-COSMIC介绍 蛋白质分析常用数据库及工具汇总 OMIM介绍 NC
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摘要：> path_set <- "H:/"> path_groups <- "proteingroups.txt"> path_psms <- "psms.txt"> path_out <- "proteingroups.csv"> source("H:\\program_home\\p_value_2
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