BrainWeb: Simulated Brain Database使用说明

作者：凯鲁嘎吉 - 博客园 http://www.cnblogs.com/kailugaji/

其他请看标签：脑图像

BrainWeb: Simulated Brain Database
http://brainweb.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/

数据集选自McGill大学Montreal神经所大脑成像中心的Brain Web反震脑部MR图像数据库。该数据库包含基于两种解剖模型的模拟脑MRI数据：正常和多发性硬化（MS），并且提供了人工合成三种模态(T1-, T2-, PD-)下的三维脑MR图像。图像中包含不同的扫描厚度、噪声以及偏移场，且该数据库对于所有脑MR图像均提供了标准分割结果。

一、文件命名规则

1.模态 T1,T2,PD
2.协议 icmb
3.脑图像名字：正常
4.切片厚度 1mm,3mm,5mm,7mm,9mm
5.噪声水平 pn0=0%;1%,3%,5%,7%,9%
6.灰度不均匀水平 rf0=0%;20%,40%

二、文件下载格式： .rawb

以正常脑数据库为例，模态= T1，协议= ICBM，幻像名称=正常，切片厚度= 1mm，噪声= 0％，INU = 0％

点击下载即可，下载之后格式为.rawb文档，用matlab打开文件及数据。

function g = readrawb(filename, num)
% 函数readrawb(filename, num)中的第一个参数filename是欲读取的rawb文件的文件名，第二个参数num就是第多少张。
fid = fopen(filename);
% 连续读取181*217*181个数据，这时候temp是一个长度为181*217*181的向量。
% 先将rawb中的所有数据传递给temp数组，然后将tempreshape成图片集。
temp = fread(fid, 181 * 217 * 181);
% 所以把它变成了一个181*217行，181列的数组，按照它的代码，这就是181张图片的数据，每一列对应一张图。
% 生成图片集数组。图片集images数组中每一列表示一张图片。
images = reshape(temp, 181 * 217, 181);   
% 读取数组中的第num行，得到数组再reshape成图片原来的行数和列数：181*217。
image = images(:, num);
image = reshape(image, 181, 217);
g = image;
fclose(fid);
end

function init_image(filename,num)
% 函数init_image(filename,num)中的第一个参数filename是欲读取的rawb文件的文件名，第二个参数num就是第多少张。输出为原始图像，未处理
%例如：init_image('t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb',90)， init_image('phantom_1.0mm_normal_csf.rawb',90)
read=readrawb(filename, num);
% 旋转90°并显示出来
read=imrotate(read, 90);                                        
imshow(uint8(read));
end

在命令行窗口输入

1	`init_image('t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb',90)`

即可获得第90层的脑MR图像。

三、离散标签命名规则

0=Background,背景
1=CSF,脑脊液
2=Grey Matter,灰质
3=White Matter,白质
4=Fat,脂肪
5=Muscle/Skin,肌肉/皮肤
6=Skin,皮肤
7=Skull,颅骨
8=Glial Matter,胶质
9=Connective,连接

四、批量保存全部数据为mat文件与jpg图像文件

将全部181层的217*181大小的数据保存为mat文件与jpg图像文件，方便后续调用某一层的图像数据。前提需要新建一个空白文件夹“results”

clear
clc
filename='t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb';
for i=1:181
    read{i}=readrawb(filename, i);
    read{i}=imrotate(read{i}, 90);  
    % imshow(uint8(read{i}));
    imwrite(uint8(read{i}),['.\results\', int2str(i), '.jpg']); 
end
save image_data read