Johnsonz海马体

摘要： 报错信息 Forward and reverse reads not paired. Check that BAM files have the same read names and are sorted. 分析 提示是没有排序或者R1、R2没有配对，手动sort再分步运行HiC-Pro samt 阅读全文

摘要： 问题 cp 了一个shell脚本到另一个目录，运行报错 检查了上文及报错行，确认没问题，百思不得其解 原因 后文awk少了一个{，影响了上文的awk 阅读全文

摘要： 摘要 运行cnvnator检测CNV变异，一般用法网上有，这里说几点特殊的。 注意 只能单个个体call CNV 流程为单call → 过滤 → 转vcf → 再过滤 → 取交集并集做差异分析 → 取坐标 → 注释到基因 理应进行基因型分析，但是vcf-compare -g 报错 # generat 阅读全文

摘要： 运行大规模重测序数据的比对，需要大量计算资源，一次性提交服务器可能会崩溃，单个循环运行较慢，所以简单并行的实现极为重要。 阅读全文

摘要： 摘要 产生的fasta文件中的序列名（header），如果是重复的或者是没有意义的，就需要批量对其进行更改，针对不同目的，有不同的软件进行处理，seqtk的rename模块可以重命名重复的header；seqkit的replace模块可以完全自定义的重命名。 使用方法 # header前缀修改为21 阅读全文

摘要： 在一台新PC上安装[MobaXterm](https://mobaxterm.mobatek.net/)，并且导入之前自动备份的配置文件时，忘记了之前设置的主密码，尽管其提示与之前的Windows账户密码一致，仍然不能尝试出来。 阅读全文

摘要： 摘要 上回用到LINKVIEW可视化染色体共线性，最后的PNG图片分辨率即使加了对应的调整参数（dpi）仍不高，软件先生成SVG再转化为PNG，所以可以自行转化为高质量的PNG。 找了一圈，linux上的ImageMagick的convert命令可以满足场景。 Use ImageMagick® to 阅读全文

摘要： 基因组组装质量的评估手段之一就是用现有的参考基因组和组装的基因组进行共线性分析，级别有全基因组的共线性分析和染色体级别的共线性分析 阅读全文

摘要： HiCPlotter is a Python data visualization tool for integrating different data types with interaction matrixes 阅读全文

摘要： 摘要 甲基化在真核生物基因组序列中广泛存在，其中5mC最为普遍，在真核生物基因组中也有发现6mA。捕获基因组中的甲基化状态的常用技术是全基因组甲基化测序（WGBS）和简化甲基化测序（RRBS），而随着第三代测序技术的完善，ONT单分子纳米孔测序可以从单分子的角度来检出甲基化的胞嘧啶和腺嘌呤电流的变化 阅读全文