08 2021 档案

cnvnator检测CNV变异
摘要：摘要 运行cnvnator检测CNV变异，一般用法网上有，这里说几点特殊的。 注意 只能单个个体call CNV 流程为单call → 过滤 → 转vcf → 再过滤 → 取交集并集做差异分析 → 取坐标 → 注释到基因 理应进行基因型分析，但是vcf-compare -g 报错 # generat 阅读全文
posted @ 2021-08-25 15:23 Johnson海马体 阅读(480) 评论(0) 推荐(0)
利用parallel实现并发
摘要：运行大规模重测序数据的比对，需要大量计算资源，一次性提交服务器可能会崩溃，单个循环运行较慢，所以简单并行的实现极为重要。 阅读全文
posted @ 2021-08-24 11:37 Johnson海马体 阅读(185) 评论(0) 推荐(0)
fasta header 重命名
摘要：摘要 产生的fasta文件中的序列名（header），如果是重复的或者是没有意义的，就需要批量对其进行更改，针对不同目的，有不同的软件进行处理，seqtk的rename模块可以重命名重复的header；seqkit的replace模块可以完全自定义的重命名。 使用方法 # header前缀修改为21 阅读全文
posted @ 2021-08-19 17:04 Johnson海马体 阅读(1408) 评论(0) 推荐(0)
MobaXterm主密码重置
摘要：MobaXterm主密码重置在一台新PC上安装[MobaXterm](https://mobaxterm.mobatek.net/)，并且导入之前自动备份的配置文件时，忘记了之前设置的主密码，尽管其提示与之前的Windows账户密码一致，仍然不能尝试出来。 阅读全文
posted @ 2021-08-18 19:38 Johnson海马体 阅读(5475) 评论(1) 推荐(0)
linux convert 转化图片格式
摘要：摘要 上回用到LINKVIEW可视化染色体共线性，最后的PNG图片分辨率即使加了对应的调整参数（dpi）仍不高，软件先生成SVG再转化为PNG，所以可以自行转化为高质量的PNG。 找了一圈，linux上的ImageMagick的convert命令可以满足场景。 Use ImageMagick® to 阅读全文
posted @ 2021-08-17 14:51 Johnson海马体 阅读(584) 评论(0) 推荐(0)
染色体共线性可视化
摘要：染色体共线性可视化基因组组装质量的评估手段之一就是用现有的参考基因组和组装的基因组进行共线性分析，级别有全基因组的共线性分析和染色体级别的共线性分析 阅读全文
posted @ 2021-08-17 11:40 Johnson海马体 阅读(1872) 评论(0) 推荐(0)
友情链接
摘要：友链 夏日浅笑 liuhiu刘辉 申请 将本站加入贵站友链，评论或者邮件告知即可 例： 昵称：Johnsonz海马体 网址：https://www.cnblogs.com/johnsonzzz/ 说明：Think twice befor you act ! 阅读全文
posted @ 2021-08-16 11:14 Johnson海马体 阅读(33) 评论(0) 推荐(0)
关于
摘要：Tag Graduate student Animal science Animal genetics and bioinformatics Genome assebmly Code Need : Python : Shell : R : Intro Name = Johnsonz Address 阅读全文
posted @ 2021-08-16 11:04 Johnson海马体 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)
Hi-C互作热图作图神器-HiCPlotter
摘要：Hi-C互作热图作图神器-HiCPlotterHiCPlotter is a Python data visualization tool for integrating different data types with interaction matrixes 阅读全文
posted @ 2021-08-11 10:14 Johnson海马体 阅读(4813) 评论(0) 推荐(0)

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