HiC-Pro mergeSAM.py报错

报错信息

 Forward and reverse reads not paired. Check that BAM files have the same read names and are sorted.

分析

提示是没有排序或者R1、R2没有配对，手动sort再分步运行HiC-Pro

samtools sort -@ 10 -n -m 10G -T temp1 xxxR1.bam > xxxR1.sort.bam
samtools sort -@ 10 -n -m 10G -T temp2 xxxR2.bam > xxxR2.sort.bam
mv xxxR1.sort.bam xxxR1.bam
mv xxxR1.sort.bam xxxR1.bam

注意

• 不能按染色体位置排序，因为HiC-Pro在处理HiC数据这一步需要配对关系，所以需要让R1、R2的bam按名称排序
• -m不能设置过低，HiC测序深度高的话会导致排序的过程文件过多而不能合并
• 最好设置-T，因为此时IO交互量很大
• 最后把排好序的文件按原来的名字修改命名
• 不能用nohup执行，因为其会将标准输出中的字符重定向到bam导致一些奇奇怪怪的错误，可以用screen

参考

• HiC-Pro
• Forward and reverse reads not paired.