fasta header 重命名

摘要

产生的fasta文件中的序列名(header),如果是重复的或者是没有意义的,就需要批量对其进行更改,针对不同目的,有不同的软件进行处理,seqtk的rename模块可以重命名重复的header;seqkit的replace模块可以完全自定义的重命名。

使用方法

# header前缀修改为21mer39t_,{nr}为第几个序列
seqkit replace -p .+ -r "21mer39t_{nr}" -j 120 -t dna -o 21mer_39times_dump_rename.fasta 21mer_39times_dump.fasta

更好的方法

可修改old name和new name对应关系的fa-rename

posted @ 2021-08-19 17:04  Johnson海马体  阅读(1267)  评论(0编辑  收藏  举报