摘要： 1. 生成fai和dict文件： java -Xmx50g -jar picard.jar CreateSequenceDictionary R=/home/dklv/GW/software/bwa.kit-0.7.15_x64-linux/index_gencode_hg38/GRCh38.pri 阅读全文

摘要： shell中用awk处理excel文件时，出现分隔符不明确导致的不易筛选列的问题。解决： 将excel另存为csv文件，处理即可。 处理后，csv文件以，为分隔符。 参考：https://blog.csdn.net/GoOnDrift/article/details/100524860 阅读全文

摘要： 个人理解： 虽然很多介绍PCA的文章，但大多基于PCA的矩阵原理，没有与实际应用相结合的解释。而且，我也一直困惑在R中应用PCA的输入和输出的设置。所以我写了下文。 主要参考此文档：http://strata.uga.edu/software/pdf/pcaTutorial.pdf，并结合自己的数据 阅读全文

摘要： 1. 查看当前的登陆用户： who w 2.查看占用最多的程序 linux查看占用内存最多的程序 ps aux|head 3. ps -aux命令详解：https://www.cnblogs.com/dion-90/articles/9048627.html 4. 查找linux系统安装的包 dpk 阅读全文

摘要： 药物靶点： 药物靶点是指药物在体内的作用结合位点，包括基因位点、受体、酶、离子通道、核酸等生物大分子。 如果是酶，应该可以由分子对接提供一定的线索，然后去找相关的抑制剂啥的进行测定。 如果是受体，我觉得可以考虑做下蛋白组学研究，看下药物作用后，哪些蛋白质有上调或者下调，通过这些蛋白质进行信号通路的检 阅读全文

摘要： 1. 不仅可完全复制阿尔茨海默氏病背后病理的培养系统，还开发出一种系统，该系统包括神经炎症，这是导致脑细胞死亡的关键生物学反应。 http://nature.bio1000.com/naturearchive/202001/2150669.html 阅读全文

摘要： 文献：A genome-wide gene-expression analysis and database in transgenic mice during developmentof amyloid or tau pathology， 提供了4个品系的小鼠的MicroArray数据，并进行了q 阅读全文

摘要： cfDNA： 用处： 诊断/监测、药物疗效/预后 mutation： 与cancer type、TMB、肿瘤异质性、克隆进化有关。 与age、cancer位置关联； 做病毒检测。抽血，用血清中的DNA、蛋白做病毒检测。 长度： 正常是160bp，肿瘤患者的cfDNA长度约132-145bp。 来源： 阅读全文

摘要： 靶向药（顺铂）的作用原理： 1. 只对增殖中的细胞有效。对正常细胞无效。而，癌细胞是处于高度增殖中的细胞。 它作用于DNA的大弯GC上，让其复制终止。所以，顺铂只对处于复制中的DNA起作用。否则，DNA高度压缩，不暴露在外面，顺铂无法起作用。 2. 顺铂（pt）-》CPS-3-》DME1-》细胞凋亡 阅读全文

摘要： z-score： 比如，某样本的100个snv的深度差别很大。但是，想画这些点的深度图。值大的与值小的点，通过不同颜色很容易区分开来；但是，值大的与值中等大的点，不容易区分。这时，可以把深度转换为z-score，使深度值变小，再用不同颜色区分不同深度值。 R中进行normalization的方法： 阅读全文