RNA-seq分析

cuffdiff：

　　cuffdiff的输入

　　　　1. bam文件

　　　　2. control和treat两组样本。每组可包含一个或多个样本。

　　　　　　　　若执行：cuffdiff  c1,c2,c3   t1,t2,t3，则得到1个差异列表。

　　　　　　　　若分别执行：cuffdiff c1 t1　　cuffdiff c2 t2　　cuffdiff c3 t3，则得到3个差异列表。

　　　　　　　　比如，造模组造了3只小鼠，每只小鼠分别取样做RNA-seq；同样，对照组也做类似处理。（这是生物学重复）。

 

cuffquant得到一个.cxb的二进制文件。

 

cuffnorm