随笔分类 - 数据库使用
摘要：David数据库也是进行GO过程注释、pathway注释的数据库。 注释步骤： upload->submit list(选择gene_symbol)->list->select species
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摘要：GTEx database：该数据库是健康人贡献的组织的RNASeq的数据。还有snp信息。将snp信息与gene的表达水平结合起来。 donor： donor贡献的tissue。 gene表达水平（用FPKM表示gene的表达水平）受其周围snp的影响，这样的gene叫做egene。这样的snp叫
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摘要：1. 输入mouse的gene symble时，不能输入大写的gene symble。 比如：Sept8可以，SEPT8不可以。提示error：没有map。 比如：FBP1，提示no mapping。Fbp1，OK。 总结：小鼠和人的gene symble在大小写是不同的。全部大写的gene sym
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摘要：在R中，p.adjust可计算FDR值。参考网址：https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/p.adjust.html 多重检验都得算q-value，即FDR值。原因如下： 参考我的博文：https://www.cnblogs.
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摘要：置换检验 参考网址：https://www.plob.org/article/3176.html 置换检验（permutation test）：利用样本数据的全（或随机）排列，进行统计推断的方法。特别适用于总体分布未知的小样本资料。 结合GSEA，解释permutation test： 首先，有两种
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摘要：GO官网：http://geneontology.org/docs/ontology-documentation/ 先说Ontology的含义： Ontology：某领域内的知识的正式、规范的描述。它通常由一些class/term/concept之间的关系组成。 Gene Ontology主要描述了
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摘要：参考资料来源： http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130 GSEA图的理解： 含义概述： 竖线表示：某
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摘要：如果转载，请注明出处。 GSEA、David与KEGG、GO数据库的区别： 1.KEGG数据库、GO数据库是知识库。它们记录了通路、生物学过程等的信息。 2.GSEA、David是做富集分析的数据库。它们使用KEGG、GO数据库中的信息，再结合你输入的基因列表，对输入基因列表进行富集分析，给出结果（
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摘要：对于生物信息学知识的掌握，大体可以分为三重境界： 讲解了3代生物功能富集检验方法，主要降解了GSEA方法的使用和优缺点。 参考资料：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20901089 讲解了pathway注释和基因富集的不同，以及各自的优缺点： 参考资料：https://ww
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摘要：KEGG mapper： 输入：cufdiff生成的差异基因列表（log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01） 目的：在KEGG网站中，利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程： 1. ID转换：将gene symbol转换为uniprobID 方法：利
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摘要：gene symbol： TP53 gene ID：7157。Entrez Gene ID，它是目前国际上最权威的Gene ID编号！ GENECODE：GENECODE来自Ensembl数据库。没有ID。它有gtf文件。 HGNC（人类基因命名委员会）只对人类基因进行命名。 HUGO Gene S
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