BZOJ1264: [AHOI2006]基因匹配Match

1264: [AHOI2006]基因匹配Match

Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MB
Submit: 541  Solved: 347
[Submit][Status]

Description

基 因匹配（match） 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球，这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成（地球上只有4种），而更奇怪的是，组成DNA序列的 每一种碱基在该序列中正好出现5次！这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成，那么它的长度一定是5N。 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦，而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题，于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程 序。 为了描述基因匹配的原理，我们需要先定义子序列的概念：若从一个DNA序列（字符串）s中任意抽取一些碱基（字符），将它们仍按在s中的顺序排列成一个新 串u，则称u是s的一个子序列。对于两个DNA序列s1和s2，如果存在一个序列u同时成为s1和s2的子序列，则称u是s1和s2的公共子序列。 卡卡已知两个DNA序列s1和s2，求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最长公共子序列的长度。 [任务] 编写一个程序：  从输入文件中读入两个等长的DNA序列；  计算它们的最大匹配；  向输出文件打印你得到的结果。

Input

输入文件中第一行有一个整数N，表示这个星球上某种生物使用了N种不同的碱基，以后将它们编号为1…N的整数。 以下还有两行，每行描述一个DNA序列：包含5N个1…N的整数，且每一个整数在对应的序列中正好出现5次。

Output

输出文件中只有一个整数，即两个DNA序列的最大匹配数目。

Sample Input

2
1 1 2 2 1 1 2 1 2 2
1 2 2 2 1 1 2 2 1 1

Sample Output

7

HINT

[数据约束和评分方法]
60%的测试数据中：1<=N <= 1 000
100%的测试数据中：1<=N <= 20 000

Source

题解：

这真是一道好题！

因为最传统的LCS的做法中，最大值更新的条件是 s[1][i]==s[2][j]，

而现在对于每一个 s[1][i]，我们已经知道s[2]中哪些元素与它相同，显然可以用这些元素的前缀最大值+1来更新这个点的最优值。

因为前面已经匹配过的一定是合法的，所以我们将i与该元素匹配得到一个更大的答案。

树状数组再次发挥了前缀最大值的快速查询的作用。

真是一道巧妙的题！

代码：

#include<cstdio>

#include<cstdlib>

#include<cmath>

#include<cstring>

#include<algorithm>

#include<iostream>

#include<vector>

#include<map>

#include<set>

#include<queue>

#include<string>

#define inf 1000000000

#define maxn 20000+100

#define maxm 500+100

#define eps 1e-10

#define ll long long

#define pa pair<int,int>

#define for0(i,n) for(int i=0;i<=(n);i++)

#define for1(i,n) for(int i=1;i<=(n);i++)

#define for2(i,x,y) for(int i=(x);i<=(y);i++)

#define for3(i,x,y) for(int i=(x);i>=(y);i--)

#define mod 1000000007

using namespace std;

inline int read()

{

    int x=0,f=1;char ch=getchar();

    while(ch<'0'||ch>'9'){if(ch=='-')f=-1;ch=getchar();}

    while(ch>='0'&&ch<='9'){x=10*x+ch-'0';ch=getchar();}

    return x*f;

}
int n,ans,p[maxn][6],s[5*maxn],f[5*maxn];
void change(int x,int y)
{
    for(;x<=5*n;x+=x&(-x))s[x]=max(s[x],y);
}
int ask(int x)
{
    int t=0;
    for(;x;x-=x&(-x))t=max(t,s[x]);
    return t;
}

int main()

{

    freopen("input.txt","r",stdin);

    freopen("output.txt","w",stdout);

    n=read();
    for1(i,5*n){int x=read();p[x][++p[x][0]]=i;}
    for1(i,5*n)
    {
        int x=read();
        for3(j,5,1)
         {
             int y=p[x][j],t=ask(y-1)+1;
             if(t>f[y])f[y]=t,change(y,t);
         }
    }
    for1(i,5*n)ans=max(ans,f[i]);
    printf("%d\n",ans);

    return 0;

}