2018年12月27日

生物信息学的经验【转发】
摘要： 经验1：不要把时间过多的花在数据的前处理上（如序列的比对、标准化），要用同一的pipeline 我们实验室所遇到的数据，如表达谱芯片，ChIP-seq，RNA-seq很多都有成熟的pipeline，如（表达谱芯片的RMA归一化，ChIP-seq从比对到peak calling，RNA-seq若是只做 阅读全文
posted @ 2018-12-27 11:05 左筱弦 阅读(226) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
ChIP-seq基本流程及工具
摘要： ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.Differential analysis 5.Peak gene 6.Pathway analysi 阅读全文
posted @ 2018-12-27 09:40 左筱弦 阅读(1071) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
ChIP-seq 核心分析 下游分析
摘要： http://icb.med.cornell.edu/wiki/index.php/Elementolab/ChIPseeqer_Tutorial 【怪毛匠子 整理】 ChIP-seq【核心分析 下游分析】 Core Analysis : Peak detection: Split raw data 阅读全文
posted @ 2018-12-27 09:39 左筱弦 阅读(1216) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理
摘要： 【怪毛匠子 整理】 samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步：把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步：sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam 阅读全文
posted @ 2018-12-27 09:35 左筱弦 阅读(16992) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
生物信息学工具--bowtie&bowtie2
摘要： Bowtie和Bowtie2使用 【怪毛匠子整理】 Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowtie2使用 碱基 序列 种子 前导链 错配 基因组 末端 标题: Bowtie和Bowtie2使用 阅读全文
posted @ 2018-12-27 09:32 左筱弦 阅读(4103) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
R语言 一套内容 从入门 到放弃
摘要： 【怪毛匠子整理】 1、下载 wget http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz 2、解压： tar -zxvf R-3.0.1.tar.gz cd R-3.0.1 3、安装 yum install readline-deve 阅读全文
posted @ 2018-12-27 09:29 左筱弦 阅读(1810) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
python 解方程
摘要： 【怪毛匠子=整理】 SymPy 库 安装 sudo pip install sympy x = Symbol('x') 解方程 solve([2 * x - y - 3, 3 * x + y - 7],[x, y]) 求极限 limit(x*(sqrt(x**2 + 1) - x), x, oo) 阅读全文
posted @ 2018-12-27 08:53 左筱弦 阅读(2203) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
RNA-seq 数据文件处理
摘要： http://www.fungenomics.com/article/30 【专题】基因组学技术专题（二）—— 为什么说FPKM/RPKM是错的 下载数据 wget是linux下一个从网络上自动下载文件的常用自由工具。它支持HTTP，HTTPS和FTP协议，可以使用HTTP代理。一般的使用方法是: 阅读全文
posted @ 2018-12-27 08:51 左筱弦 阅读(765) 评论(0) 推荐(0) 编辑