2018年12月26日

homer进行motif分析 ChIP-seq
摘要： http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013 | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析时，按照文献中材料和方 阅读全文
posted @ 2018-12-26 21:00 左筱弦 阅读(6546) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
ChIP-seq 学习内容
摘要： chip-seq 流程图 书籍资料 工具 UCSU 安装 使用 原理 手册 Swiss在线分析工具 短序列比对工具 BWA 流程 格式处理 序列比对 peak-calling motif 可视化 输出文档 上下游分析 chip-seq 流程图 【怪毛匠子】 【独家整理-怪毛匠子】 书籍资料 生物信息 阅读全文
posted @ 2018-12-26 20:59 左筱弦 阅读(554) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
ChIP-seq motif ROC 相关资料
摘要： 【怪毛匠子】独家整理 不可以转载 MEME工具 http://meme-suite.org DNA motif 搜索算法总结 http://www.bbioo.com/lifesciences/40-115984-1.html online tools http://chipseek.cgu.edu 阅读全文
posted @ 2018-12-26 20:55 左筱弦 阅读(223) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
single-cell RNA-seq 工具大全
摘要： 【怪毛匠子-整理】 awesome-single-cell List of software packages (and the people developing these methods) for single-cell data analysis, including RNA-seq, AT 阅读全文
posted @ 2018-12-26 17:54 左筱弦 阅读(1479) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
ChIP-seq PEAK-Calling对比
摘要： 2018-12-26 【禁止转载】 【怪毛匠子-原创】 已知内容先行，进行去峰并标记列表（峰的情况），再做峰的挖掘//已知基因附近的峰都需相关标记在质量检测时进行数据预分类，再进行peakcalling的算法选择 主要步骤优缺点在下面 MACS原理：基于动态泊松进行建模。局部波动和偏差，进行局部泊松 阅读全文
posted @ 2018-12-26 17:42 左筱弦 阅读(841) 评论(0) 推荐(0) 编辑