我们在安装操作系统时，经常会在磁盘分区文件系统(NTFS、FAT和FAT32)之间进行选择。现通过下列信息对这三个文件系统加以比较。
使用 NTFS 文件系统的好处在于一下几个方面：
NTFS 比 FAT 或 FAT32 的功能更强大，同时它还包括提供 Active Directory所需的功能以及其它重要安全性功能。只有通过选择 NTFS 作为文件系统才能使用诸如 Active Directory 和基于域的安全性等功能。
将分区转换为 NTFS 很容易。使用安装程序进行转换很容易，不论您使用的是 FAT 还是 FAT32 或更低版本的 NTFS。这种转换可以保持您的文件不发生变化（与格式化分区不同）。如果不需要使文件保持原样，且已拥有 FAT 或 FAT32 分区，则建议使用 NTFS 来格式化分区而不是从 FAT 或 FAT32 进行转换。格式化分区会删除分区上的所有数据，使您能够从一个空驱动器开始进行操作。
要维护文件和文件夹访问控制并支持有限个帐户，必须使用 NTFS。如果使用 FAT32，所有用户都将具有访问权，以访问您的硬盘驱动器上的所有文件，而不考虑其帐户类型（管理员、有限制的或标准的）。
NTFS 是一种最适合处理大磁盘的文件系统。（下一个性能仅次于 NTFS 并适于处理大磁盘的文件系统是 FAT32。）
有一种情况可能需要将 FAT 或 FAT32 选为您的文件系统。如果必须有一台计算机有时运行较低版本的 Windows，其它时间运行 Windows XP，则需要使用 FAT 或 FAT32 分区作为其硬盘上的主（或启动）分区。如果使用最新版本的 NTFS，则多数较低版本的 Windows 将无法访问分区。两种例外情况是 Windows 2000 和具有 Service Pack 4（或更新版本）的 Windows NT 4.0。具有 Service Pack 4（或更新版本）的 Windows NT 4.0 可以访问具有最新版本的 NTFS 的分区，但却有下述限制：它无法访问那些使用早期 NTFS 功能来存储的文件，这些功能在 Windows NT 4.0 发布时还没出现。
但对于其它包含多个操作系统的情况，推荐的文件系统依然是 NTFS。
注意：
一旦将驱动器或分区转换为 NTFS，则无法将其简单地转换回 FAT 或 FAT32。需要重新格式化驱动器或分区，这样将删除该分区上包括应用程序和个人文件在内的所有数据。
下面的表格介绍了每个文件系统与各种操作系统的兼容性。
NTFS
FAT
FAT32
运行 Windows XP 或 Windows 2000 的计算机可以访问 NTFS 分区上的文件。运行带有 Service Pack 4（或更高版本）的 Windows NT 4.0 的计算机可能可以访问某些文件。其它操作系统则无法访问。
可以通过 MS-DOS、所有版本的 Windows、Windows NT、Windows 2000、Windows XP 和 OS/2 进行访问。
只能通过 Windows 95 OSR2、Windows 98、 Windows Millennium Edition、Windows 2000 和Windows XP 进行访问。
下表比较了每个文件系统支持的磁盘和文件大小。
NTFS
FAT
FAT32
推荐的最小容量大约为 10 MB，
也可使用大于 2 TB 的卷。
无法在软盘上使用。
容量可从软盘大小到 4 GB。
不支持域。
容量从 512 MB 到 2 TB。
在 Windows XP 中，只能格式化最多达 32 GB 的 FAT32 卷。
不支持域。
文件大小只受卷的容量限制。
最大文件大小为2 GB。
最大文件大小为4 GB。
