方法1,使用Response.Write,这种方法会把JS代码写在页面的最顶部(< html>的前面):
System.Web.HttpContext.Current.Response.Write("< script language=javascript>alert('JS代码');< /script>");

方法2,使用RegisterStartupScript,这种方法会把JS代码嵌入在页面的底部、表单的最后 (< /form>前面),适用于要在页面控件加载完成后运行的JS代码 :
System.Web.UI.Page page = (System.Web.UI.Page)System.Web.HttpContext.Current.Handler;
if (!page.ClientScript.IsStartupScriptRegistered(page.GetType(),"clientScript"))
    page.ClientScript.RegisterStartupScript(page.GetType(), "clientScript", "< script language=javascript>alert('JS代码');< /script>");

方法2,使用RegisterClientScriptBlock,这种方法会把JS代码嵌入在页面的顶部、表单的最前 (< form>后面),适用于要在控件加载前执行的JS代码,类似于上面的Response.Write方式 :
System.Web.UI.Page page = (System.Web.UI.Page)System.Web.HttpContext.Current.Handler;
if (!page.ClientScript.IsClientScriptBlockRegistered(page.GetType(),"clientScript"))
    page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(page.GetType(), "clientScript", "< script language=javascript>alert('JS代码');< /script>");