摘要：
VMD中默认中性溶液不添加任何离子，故以下操作可加入指定数目的离子。 1.建水盒子：VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box 2.填写水盒子参数：如下 3. 加入离子：完成第二步建成水盒子后，会自动生成solvate.pdb 和solvate.psf文件，有 阅读全文
摘要：
SPC=simple point charge简单点电荷力场——此力场将水分子视为刚体分子，其键长键角的值恒定。此力场将二水分子的作用分为范德华作用和库伦作用。尽氧-氧原子间有范德华作用，水分子的每个原子均带有电荷，分子间对有库伦静电作用。 TIP=Transferable Intermolecul 阅读全文
摘要：
分子模拟定义及方法 将一定数量的分子输入计算机内进行分子微观结构的测定和宏观性质的计算。按照获得微观态的方法不同，分子模拟可以分为： 1.Monte Carlo蒙特卡罗方法，MC：1.构型平均，不包含动力学部分；2.利用概率行走产生微观态。 2.Molecular Dynamics分子动力学，MD： 阅读全文