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摘要: 高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款“老牌子 阅读全文
posted @ 2016-12-08 20:07 zkkaka 阅读(7843) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. 阅读全文
posted @ 2016-12-08 19:45 zkkaka 阅读(3946) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 第一步:下载Annovar 上Annovar官网下载(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/),现在要邮件注册后才能下载。邮件注册后会给你最新版软件下载地址, 下载后文件为annovar.latest. 阅读全文
posted @ 2016-12-08 19:23 zkkaka 阅读(7921) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar 阅读全文
posted @ 2016-12-08 09:41 zkkaka 阅读(681) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开。 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象。如一个染色体,克隆或片段。可以有多个参照序列。 该id的取名不能以’>’开头,不能包含空格。 2. source :来源 注释的 阅读全文
posted @ 2016-12-07 20:31 zkkaka 阅读(379) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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