zkkaka - 博客园

2016年12月12日

转：GATK使用方法详解（包含bwa使用）（一）

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posted @ 2016-12-12 15:45 zkkaka 阅读(58) 评论(0) 推荐(0) 编辑

VCF格式文件说明

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posted @ 2016-12-12 15:12 zkkaka 阅读(20) 评论(1) 推荐(1) 编辑

转：如何使用SnpEff 对SNP结果进行分析

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posted @ 2016-12-12 15:06 zkkaka 阅读(24) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何用 samtools 和 bcftools call snp

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posted @ 2016-12-12 14:19 zkkaka 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑

samtools常用命令详解

摘要： samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对ba 阅读全文

posted @ 2016-12-12 10:29 zkkaka 阅读(392) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月11日

群体结构图形三剑客——PCA图

摘要：重测序便宜了，群体的测序和分析也多了起来。群体结构分析，是重测序最常见的分析内容。群体结构分析应用十分广泛，首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容，其次在进行GWAS分析的时候，本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量，来校正群体结构对关联分析带来的假阳性。我们之所以冠阅读全文

posted @ 2016-12-11 23:02 zkkaka 阅读(35761) 评论(0) 推荐(3) 编辑

SAM/BAM文件处理

摘要：当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。那么SAM文件的格式是什么样子的呢？如果你想真实地了解SAM文件，可以查看阅读全文

posted @ 2016-12-11 19:46 zkkaka 阅读(7247) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月9日

【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因

摘要： Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名：基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因发表阅读全文

posted @ 2016-12-09 15:25 zkkaka 阅读(1844) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月8日

【GWAS文献解读】疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析

摘要：英文名：Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum 中文名：疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析期刊：Nature Genetics影响因子：29.352一、研究背景以青蒿素为主的联合疗法一直以来都是治疗疟阅读全文

posted @ 2016-12-08 20:30 zkkaka 阅读(1016) 评论(0) 推荐(0) 编辑

fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads

摘要：高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data，通常测序公司在将数据返还给客户之前会做“clean”处理，即得到clean_data。然而，这些clean_data是否真的“clean”呢？首先，我们应该做一下质控。如果质控不合格，就需要一些处理，比如去接头、去除量的reads。（1）去除测阅读全文

posted @ 2016-12-08 20:22 zkkaka 阅读(4527) 评论(0) 推荐(1) 编辑