摘要: 重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来。群体结构分析,是重测序最常见的分析内容。群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性。我们之所以冠 阅读全文
posted @ 2016-12-11 23:02 zkkaka 阅读(35763) 评论(0) 推荐(3) 编辑
摘要: 当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看 阅读全文
posted @ 2016-12-11 19:46 zkkaka 阅读(7247) 评论(0) 推荐(0) 编辑