12 2016 档案

GATK read_filter参数解释
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-25 16:12 zkkaka 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)
picard中PCR duplication报错
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-23 14:43 zkkaka 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)
Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法
摘要：picard对bwa生成的sam文件进行reorder时，报错如下： Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ sh 阅读全文
posted @ 2016-12-22 16:52 zkkaka 阅读(864) 评论(0) 推荐(0)
转：cutadapt基础用法
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-19 16:11 zkkaka 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)
转： bowtie2 简单使用
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-13 15:22 zkkaka 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)
转：bowtie2
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-13 09:36 zkkaka 阅读(10) 评论(0) 推荐(0)
转：整合GWAS和WGCNA分析挖掘数量性状的微效作用位点
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-13 08:59 zkkaka 阅读(24) 评论(0) 推荐(0)
转：GATK使用方法详解（包含bwa使用）（四）
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-12 16:22 zkkaka 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)
转：GATK使用方法详解（包含bwa使用）（三）
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-12 15:48 zkkaka 阅读(24) 评论(0) 推荐(0)
转：GATK使用方法详解（包含bwa使用）（二）
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-12 15:46 zkkaka 阅读(31) 评论(0) 推荐(0)
转：GATK使用方法详解（包含bwa使用）（一）
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-12 15:45 zkkaka 阅读(58) 评论(0) 推荐(0)
VCF格式文件说明
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-12 15:12 zkkaka 阅读(21) 评论(1) 推荐(1)
转：如何使用SnpEff 对SNP结果进行分析
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-12 15:06 zkkaka 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)
如何用 samtools 和 bcftools call snp
只有注册用户登录后才能阅读该文。
posted @ 2016-12-12 14:19 zkkaka 阅读(31) 评论(0) 推荐(0)
samtools常用命令详解
摘要：samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对ba 阅读全文
posted @ 2016-12-12 10:29 zkkaka 阅读(452) 评论(0) 推荐(0)
群体结构图形三剑客——PCA图
摘要：重测序便宜了，群体的测序和分析也多了起来。群体结构分析，是重测序最常见的分析内容。群体结构分析应用十分广泛，首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容，其次在进行GWAS分析的时候，本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量，来校正群体结构对关联分析带来的假阳性。我们之所以冠 阅读全文
posted @ 2016-12-11 23:02 zkkaka 阅读(37304) 评论(0) 推荐(3)
SAM/BAM文件处理
摘要：当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么样子的呢？如果你想真实地了解SAM文件，可以查看 阅读全文
posted @ 2016-12-11 19:46 zkkaka 阅读(7440) 评论(0) 推荐(0)
【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因
摘要：Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名：基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表 阅读全文
posted @ 2016-12-09 15:25 zkkaka 阅读(1975) 评论(0) 推荐(0)
【GWAS文献解读】疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析
摘要：英文名：Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum 中文名：疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析 期刊：Nature Genetics影响因子：29.352一、研究背景以青蒿素为主的联合疗法一直以来都是治疗疟 阅读全文
posted @ 2016-12-08 20:30 zkkaka 阅读(1107) 评论(0) 推荐(0)
fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads
摘要：高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data，通常测序公司在将数据返还给客户之前会做“clean”处理，即得到clean_data。然而，这些clean_data是否真的“clean”呢？首先，我们应该做一下质控。如果质控不合格，就需要一些处理，比如去接头、去除量的reads。（1）去除测 阅读全文
posted @ 2016-12-08 20:22 zkkaka 阅读(4801) 评论(0) 推荐(1)
fastx_toolkit软件使用说明
摘要：高通量测序数据下机后的原始fastq文件，包含4行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制，这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端，去除N较多的reads等，而针对高通量测序数据的质控软件也有很多，在这里给大家介绍一款“老牌子 阅读全文
posted @ 2016-12-08 20:07 zkkaka 阅读(8012) 评论(0) 推荐(1)
转：bwa的使用方法
摘要：bwa的使用需要两中输入文件： Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna） Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. 阅读全文
posted @ 2016-12-08 19:45 zkkaka 阅读(4095) 评论(0) 推荐(1)
转： Annovar 软件注释流程介绍
摘要：第一步：下载Annovar 上Annovar官网下载（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），现在要邮件注册后才能下载。邮件注册后会给你最新版软件下载地址， 下载后文件为annovar.latest. 阅读全文
posted @ 2016-12-08 19:23 zkkaka 阅读(8223) 评论(0) 推荐(0)
转：linux下bwa和samtools的安装与使用
摘要：bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作：1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar 阅读全文
posted @ 2016-12-08 09:41 zkkaka 阅读(770) 评论(0) 推荐(0)
GFF3格式
摘要：GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。 依次是： 1. reference sequence：参照序列 指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。可以有多个参照序列。 该id的取名不能以’>’开头，不能包含空格。 2. source ：来源 注释的 阅读全文
posted @ 2016-12-07 20:31 zkkaka 阅读(471) 评论(0) 推荐(0)