【实验记录】7月30日 subfamily的比对
摘要：现在想尝试一下，如果我们将人特异性的序列分开来看，是否可以得到一些不太一样的信息？ 现在先用SVA_D做一个测试。 1。提取SVA_D的人特异性的序列。 grep 'SVA_D' /home/xxzhang/workplace/project/geneRegion/repeat_interest.b
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摘要：ssh xxzhang@192.168.79.84 cd /home/xxzhang/data/Epigenome/Roadmap/ 1、拆分原始bed文件，并重命名文件名 (base) [xxzhang@cu08 Roadmap]$ python /home/xxzhang/workplace/s
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摘要：首先，所有的以及人特异性的序列的转录因子的结果都已经出来了，这次想要按照重复家族，来试图解释： （1）我们已经有人表达特异性的基因和转录因子的数据集（师姐之前给过我） （2）不同的重复序列家族，结合的转录因子是否相同（从整体上看，也许也有一些文献的证据） （3）有否存在特异性的和插入序列家族结合的转
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摘要：一、对每一个repeat family的转录因子的富集进行提取。 由于我好久没有用perl了，每次想要对文本文件进行提取的时候，总会想到perl。但是由于对代码的生疏（好久没有用了），主要的意思是明白的，但是具体的指令写起来就特别的费劲。 现在开始一步一步的写，给自己一个小时的时间，写到晚上十点。
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摘要：今日目标：（1）阅读文献：GIGGLE；（2）将其应用到cistromDB转录因子的那套数据中； 一、文献整理 1、GIGGLE用以解决什么问题？ 结合已有的表观组的数据，如open chromatin,enhancers和transcribed regions,对我们感兴趣的基因组位点进行注释。
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