孟灵己 - 博客园

【实验记录】9月9日-9月11日

摘要：今天的计划就是说，我要把这块自己给自己弄出来点东西来。希望在汇报前能够完成的事情： (1) 我要弄明白为什么在基因和表观组层面存在那么多的不一样。 (2) 希望把gwas的结果弄出来。 (3) 找到一些候选的感兴趣的片段，并被各方面的数据认真地证实。你要认真，你要靠自己，你要专注，你要自己探索出阅读全文

posted @ 2022-09-11 20:51 孟灵己阅读(30) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【实验记录】matplotlib的使用

摘要：我现在觉得似乎matplotlib画出来的图更方便，更好看。而其是和ggplot2不一样的绘图的思路，所以我还是蛮想学习一下的。我必须要有所进步才行。 Figure fig = plt.figure() #没有坐标轴的空的图片 fig ,ax = plt.subplots() #一张图片 #这个一阅读全文

posted @ 2022-08-30 21:51 孟灵己阅读(34) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【实验记录】8月25日

摘要： ls /home/xxzhang/data/Epigenome/cistrome/human_histone_mark/named_sort/ |grep 'Fetal' |xargs -I {} mv /home/xxzhang/data/Epigenome/cist ome/human_hist 阅读全文

posted @ 2022-08-29 14:23 孟灵己阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【实验记录】8月24日

摘要：因为像SVA-D、SVA-E等，在我们之前对Roadmap数据的分析中，我们发现其在许多组织中都有所谓的转录的活性。因此，我也想通过组蛋白修饰的数据来看一看。 H3K36me3 cp /home/xxzhang/data/Epigenome/Roadmap/giggle_result/gzData/ 阅读全文

posted @ 2022-08-24 22:44 孟灵己阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【实验记录】8月21日-遇到普通用户内存限制的问题，

摘要： H3K27ac mkdir named_H3K27ac mkdir named_H3K27ac_s1 mkdir named_H3K27ac_s2 mkdir named_H3K27ac_s3 mkdir named_H3K27ac_s4 (base) [xxzhang@cu08 human_his 阅读全文

posted @ 2022-08-22 00:07 孟灵己阅读(110) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【实验记录】8月20日-chip_seq数据的富集

摘要：实验目标：（1）首先，正常的，将数据重命名（使用rename.py），建立索引。（2）比对富集。（3）试图绘制，行为样本，列为不同染色质标记的热图。现在开始执行。 awk -v FS="\t" '{print $1,"\t"$3,"\t"$2,"\t"$5,"\t"$6,"\t"$7,"\t 阅读全文

posted @ 2022-08-21 13:22 孟灵己阅读(286) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【实验记录】atac-seq数据的处理

摘要：主要是还是想再用一下刘晓乐老师课题组的那个数据，感觉数据在这里，没有好好利用的话就很浪费。用ATAC-seq的数据，目的就是说想知道，我们的这些序列在哪些样本的哪些位置是开放的。这就可以为我们提供一个维度的信息或者是线索。 1、理解并模仿rename.py代码文件。现在先通过分析rename.p 阅读全文

posted @ 2022-08-17 23:26 孟灵己阅读(266) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【实验记录】7月30日 subfamily的比对

摘要：现在想尝试一下，如果我们将人特异性的序列分开来看，是否可以得到一些不太一样的信息？现在先用SVA_D做一个测试。 1。提取SVA_D的人特异性的序列。 grep 'SVA_D' /home/xxzhang/workplace/project/geneRegion/repeat_interest.b 阅读全文

posted @ 2022-07-30 23:26 孟灵己阅读(27) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【实验记录】7月30日复现作者的示例代码-Roadmap

摘要： ssh xxzhang@192.168.79.84 cd /home/xxzhang/data/Epigenome/Roadmap/ 1、拆分原始bed文件，并重命名文件名 (base) [xxzhang@cu08 Roadmap]$ python /home/xxzhang/workplace/s 阅读全文

posted @ 2022-07-30 16:51 孟灵己阅读(175) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【实验记录】7月27日按照家族来划分转录因子的结果

摘要：首先，所有的以及人特异性的序列的转录因子的结果都已经出来了，这次想要按照重复家族，来试图解释：（1）我们已经有人表达特异性的基因和转录因子的数据集（师姐之前给过我）（2）不同的重复序列家族，结合的转录因子是否相同（从整体上看，也许也有一些文献的证据）（3）有否存在特异性的和插入序列家族结合的转阅读全文

posted @ 2022-07-30 12:59 孟灵己阅读(141) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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