SRA数据下载

1. ENA网站 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home

 

输入SRA的号，搜索

 

点击Study Accession:

 

 

 全选，然后点击Download report -TDV

得到全部路径：

 

  点击得到链接地址：

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR103/006/SRR10338906/SRR10338906.fastq.gz

2.下载Aspera软件

通过conda安装Aserpa软件，见其他链接。并且将执行文件环境变量PATH下。

3. 准备aspera的密匙文件，这里将其拷贝到 主文件下，方便调用。

$ cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/
4. 拷贝协议文件


>sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/

5.修改需要下载的链接

 

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk

 

将其域名修改为 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:

则为 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/006/SRR10338906/SRR10338906.fastq.gz

6. ascp命令下载

ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/006/SRR10338906/SRR10338906.fastq.gz ./  

在我这里出现 ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting.

添加 -P 33001，可以解决问题

ascp -P 33001 -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/006/SRR10338906/SRR10338906.fastq.gz ./  

 

 

 

'''
1. get the raw data from https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
2. get the ftp link: ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR131/072/SRR13144672/SRR13144672_1.fastq.gz
3. change the link to era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR131/073/SRR13144672/SRR13144673_2.fastq.gz
4. ascp -P 33001 -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR131/073/SRR13144673/SRR13144673_2.fastq.gz ./
ascp -P 33001 -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR131/066/SRR13144666/SRR13144666_2.fastq.gz ./
ascp -P 33001 -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR131/063/SRR13144663/SRR13144663_2.fastq.gz ./
'''