摘要：
我的原始测序数据是双端测序，在用trim_galore软件去接头的这一步，使用的命令行是 相当然的以为软件会默认为双端测序，结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候，发现mapping率只用10%，低的惊人。后来排除建库失败的可能，我去查看了trim_galore运行时的日 阅读全文
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RepeatMasker在运行时会先产生如下一个中间文件夹如RM_23346.WedAug301137422017，最后生成结果文件，例如.out,.masked,.tbl等 软件特性：软件运行很慢，而且很占内存（x100）。所以运行RepeatMasker时，要注意服务器的内存使用，内存超出会有c 阅读全文
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记录下总是码错的地方 然后报错 字典是的迭代元素是字典的key值，多加了一个value值 正确的写法是： 阅读全文
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在一个项目中，我需要多次遍历一个文本，该文本我是用csv.reader读取的。但后来发现，本文只对第一次循环有用，而之后的循环均为空白。经过排错后，我确定问题就出现在csv.reader（）这一步。之后我不调用csv.reader读取文本，直接用readlines()，问题解决。之后查阅CSV模块的 阅读全文
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dir函数用于查看python对象的属性，如果所查看的python对象已经定义了__dir__方法，则使用dir会返回定义的__dir__方法的返回值。如果没有定义__dir__方法，则会从__dict__中返回属性。但如果dir（包），该包中还含有别的包的话，其他包是不会显示出来的。 阅读全文
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以前看过一篇python技术贴，说用is替代==，这样更加pythonic?然后我就能把用‘==’的地方用‘Is’替代，结果程序运行结果的偏差很大，甚至完全不同。后来发现，Is与==使用上是有区别的。is是根据对象的ID来判断是否相同，而==是根据value来判断两个对象是否一样，而有些对象虽然va 阅读全文
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我在一个终端后台运行了一个程序。之后由于工作需要又新开了一个新的终端。在新的终端中，我想查看后台程序的运行状态，输入jobs时，发现没有后台任务运行。难道我的程序死掉了？我接着top了下，发现我的后台程序是有在运行的。ps下发现也是不能发现这个后台任务的。但为什么jobs和ps时没有后台任务呢？我又 阅读全文
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1.安装完pyenv时，并没有出现问题。但在安装python3.6.1时报错： 这是因为缺少Pyenv依赖的包。查看官方的wiki(https://github.com/pyenv/pyenv/wiki/Common-build-problems),发现是需要先安装依赖包 2.在安装依赖包的过程中发 阅读全文
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使用另一台装的biolinux系统的文件时，想更改下环境变量，习惯性地在.bashrc文件中进行了配置。结果出现了上面的错误。 谷歌了下，biolinux系统默认的shell是zsh. echo $Shell发现默认的确实是zsh。于是将环境变量在.zshrc中配置后source，成功。 阅读全文
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使用GDC Data Transfer Tool下载10999个isoforms.quantification.txt文件时，写了shell循环的小脚本： 发现后面出现了一个提示： 总结了下：nohup进程的数量和后台运行的数量有上限，大概是1000个，我的任务有10999个。超出限制会出现上述提示 阅读全文