Zzzzh

摘要： rMATs是一款分析RNA可变剪切事件的软件，其最大特点是考虑了replicate，还针对配对样本（在医学方面很多都是tumor和normal配对）建立了统计模型，如此以来，得到的结果相对来说也更好。具体可参考文献《rMATS: Robust and flexible detection of di 阅读全文

摘要： 在Rstudio中，下载软件install.packages()和 bioconductor软件下载命令 默认的下载地址都在国外，所以一般来说下载速度十分慢。但其实在国内都有相关的镜像，可以用来下载相关包 Rstudio直接在Tools-->Global Options-->Packages-->C 阅读全文

摘要： 在安装‘DESeq2’这个包的最后出现上面的错误。可以看出是‘Biobase’这个包有问题。重新安装此包后，再一次安装‘DESeq2’，安装成功。 library('DESeq2')出现下面问题： 缺少GenomeInfoDb包，继续安装 'GenomeInfoDbData'这个包一直能完整下载，但 阅读全文

摘要： 在调用ggplpt2包画图时，出现错误 Error in .Call.graphics(C_palette2, .Call(C_palette2, NULL)) : invalid graphics state 解决方法： dev.off() 阅读全文

摘要： > library('ggplot2')Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 不存在叫‘colorspace’这个名字的程辑包 在安装了某个包的时候，解决依赖关系时更新了其他一些包，结 阅读全文

摘要： 解压一个.tar.zip文件时报错 解决办法： 生成 再用 阅读全文

摘要： 这是双端测序的sam文件随意挑出的一条测序片段。（sam文件会把同一片段的两条read都保留，从第二列可以知道是read1还是read2），可以发现这条片段已经被测通（因为染色体坐标一致），基因序列整体是相同的，说明read1和read2都是按5‘-->3’的顺序排列的 阅读全文

摘要： 1.做科研千万不能急，不能赶，欲速则不达。 2.忌急躁，静下心来，认真分析每个问题 3.看文献一定要多读几遍，附件什么也要仔细看，可以帮助你更好的理解 4.在充分了解一个软件之前，不要轻易将几个软件串起来，搭成pipeline。因为中间很可能因为内存等原因产生意外结果，加上生信软件都不那么特别友好， 阅读全文

摘要： 在分析转录组数据时，用bowtie2比对生成的bam文件，下一步call peak使用m6Aviewer，需要bam文件的index文件。所以我直接敲命令 报上面的错误。后来发现，samtools建索引时，bam或sam文件必须是排序好了的，而且必须使用samtools的默认排序方法，即坐标顺序排序 阅读全文

摘要： 转载自http://www.bio-info-trainee.com/1469.html（生信菜鸟团） 首先是NCBI对应UCSC，对应ENSEMBL数据库： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/6 阅读全文