摘要:
用上面的代码可以将R包更新到最新版,需要注意的一点是,后面安装过程中,指定R包安装目录时,需设定在原R包所在目录下。这样可以将原R包中的安装包直接copy过来,并选择是否升级 阅读全文
摘要:
目前的R包中,很多包之间是互相依赖的。但R的namespace是有上限的。如果导入的包超过这个上限就会报错 这时候要修改R的环境配置,找到R文件夹下etc目录下的Renviron.site文件,将 这一行加入到Renviron.site文件中,然后重启R就可以了。linux和Mac下的R也只要修改下 阅读全文
摘要:
最新版的rMATS v4.0相比上一版本性能有了很大提升,处理双端测序数据时,结果没问题。但是分析单端数据时,出来的结果文件只有header,没有其他内容。最开始以为是数据有问题,测试了几个其他数据,双端测序数据都有结果,单端测序数据都没有结果。Google一下,有很多人碰到同样问题。 作者回复正在 阅读全文
摘要:
在Rstudio中运行代码 出现错误 这是因为+位于开头了,导致theme()语句无法与上一语句衔接,只需把+放在上一语句的末尾 阅读全文
摘要:
在R 语言中变量名不能以数字开头,而且变量名中最好不用特殊字符。如果通过read.table 等函数导入文本中,colname中以数字开头,导入后,会自动在数字前加个X 阅读全文
摘要:
为什么ls *中的*代表的是任意个数的字符,而正则表达式中的*表示的是前一个字符匹配0次或任意多次?而且ls 使用^匹配开头的字符时无效? 这是linux下通配符与正则表达式的区别。其实,ls,rm,mv等命令并不支持正则表达式,而是支持通配符,sed,grep,awk等命令是支持正则表达式的。另一 阅读全文
摘要:
samtools在内存与core大量使用时容易出错:如 samtools sort: failed to create temporary file "TCGA-B0-5117-01A-01R-1420-07/hisat2_result/tmp.0000.bam": Cannot send afte 阅读全文
摘要:
是c()写成C()的缘故... 阅读全文
摘要:
在用grep -w命令完成一个任务时,发现怎么弄最后都无法得出最后的结果,最后发现是linux下分隔符的原因。 新建一个test文件: 想了下,-w的作用是找出完全一样的那一列(filed),但在grep中(filed)的定义不止\t,现在看来还包括-,甚至还有别的特殊字符。解决办法是先用其他字符将 阅读全文