摘要：
TCGA数据库 CBIOPORTAL:http://www.cbioportal.org/ GEPIA OncoLnc kmplot:The Kaplan Meier plotter is capable to assess the effect of 54,675 genes on surviva 阅读全文
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R CMD INSTALL --configure-args='CPPFLAGS='-I/data/itmll/zhzheng/tools/lib/zlib-1.2.11/include'' --configure-args='LDFLAGS='-L/data/itmll/zhzheng/tools/lib/zlib-1.2.11/lib'' ShortRead 阅读全文
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visualization toolkits for genomic data:ggbio,Gviz 1.genomation: a toolkit for annotation and in bulk visualization of genomic intervals (scored or un 阅读全文
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ggplot2中的annotate可以在已有图形基础上，添加任意几何对象（如rect,pointrange，text等） 上图最底层的长方形就是用annotate制作出来的（代码来自于Guitar包） 阅读全文
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samtools :处理sam和bam文件 deeptools： bedtools：bed文件操作 RSeQC：RNAseq数据处理 阅读全文
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1.AnnotationDb-objects 是R中所有注释包的最基础的class,可用于各种数据库中ID转换,常用的三个函数select, columns和keys,saveDb(保存AnnotationDb object)，loadDb，species（shows the genus and s 阅读全文
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1.用自己的gtf文件构建txdb数据结构，用于下游分析(The TxDb class is a container for storing transcript annotations) 2.提取transcripts、exons、genes、promoters and so on 阅读全文
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1.同时选择几种颜色：rainbow()、heat.colors、terrain.colors、topo.colors、cm.colors 阅读全文
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CHIPQCs是一款好用的分析chipseq测序质量的软件,但是在说明文档中，作者有很些东西没有提到，在真正使用过程中，很从一出错。1.bam文件必须是sort过的文件，在同一目录下，还需要bam文件sort后的bam文件存在，否则会报错 阅读全文
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ggThemeAssist:初步作图完成后，可用这个包交互式地修改ggplot的主题 ggpubr:可结合ggplot2，进行t-检验，秩和检验等统计分析，并在图中显示p值等 GenomicFeatures：提取和管理基因组的feature等 阅读全文