摘要：
建库 减压后，改名为blast，并在blas目录在建立db文件1，建立数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl（prot） -parse_seqids -hash_index -out dbname 还有formatdb http://boyun.sh.cn/ 阅读全文
摘要：
核心程序调用 Primer3_core，基本用法： primer3_core [ -format_output ] [ -default_version=1|-default_version=2 ] [ -io_version=3|-io_version=4 ] [ -p3_settings_fil 阅读全文
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安装：install.packages("ggplot2") 加载：library(ggplot2) Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象) 其中： data: 数据集，主要是data frame； Aesthetics: 美学映射， 阅读全文
摘要：
功能如下： 1、View 主要功能讲sam文件转位bam文件。 涉及的参数： -b 输出bam格式。。默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header。。默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件。。默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩。。必须有-b参数 -c 输出比 阅读全文
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显著性检验： https://wenku.baidu.com/view/f89d61e6c67da26925c52cc58bd63186bceb92e2.html R ggplot2 https://www.cnblogs.com/duanxingxing/p/5441883.html 非常详细：h 阅读全文
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1、Linux下去掉^M的方法 ①dos2unix filename ②sed -i 's/^M//g' filename #注意：^M的输入方式是 Ctrl + v ，然后Ctrl + M 或者 替换， s/\r/\r/g 2、sort 功能说明：将文本文件内容进行排序 语 法：sort [-nk 阅读全文
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1.需求 ①make ②gcc 4.7以上 ③python2.7 应用于Linux/Unix 或者OS X 系统 2.安装 ①减压缩 ②git clone http://github.com/ad3002/Cookiecutter.git cd Cookiecutter/src make sudo 阅读全文
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一、Jellyfish简介 JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件。该软件运用 Ha 阅读全文
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帮朋友处理sam各式文件，又记不住sam各式每列代表的什么内容，干脆转个帖子留着以后查询。 在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是： 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1? 序列是一对序列中的一个 2? 比对结果是一个pair-end比对的末端 阅读全文
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0. 该软件原理 它以kerm为节点单位，利用de Bruijn图的方法实现全基因组的组装。何为de Bruijn............... contig 的构建过程： （1）选取初始Kmer， 满足两个条件。 ①给定阈值，min_read_num， 出现在几条reads上面； ②Kmer出现在 阅读全文