摘要：
（1）同源基因的查找 OrthoMCL or Orthofinder； （2）多序列比对 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee， Muscle 效果好点 （3）调取保守区域，并收尾连接，形成supergene Gblocks （4）进化树构建 RaxML MEGA 阅读全文
摘要：
在比较基因组学的时候，经常会听到“共线性”这个词，但是与其对应的有两个不同的概念，即 (1) synteny (2) collinear 二者的区别如下图所示： 可以看到，syntenic，表示的共线性区域，其基因顺利可以不同； 但是， collinear，表示的共线性区域，其基因顺序一致。 阅读全文
摘要：
tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引，从而加快访问速度，不仅支持VCF文件，还支持BED, GFF，SAM等格式。 下载地址： 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https 阅读全文
摘要：
最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来。 github地址 https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) 软件安装 1 ## 安装lastal 2 网址：htt 阅读全文
摘要：
shell脚本在linux中应用广泛，之前一直选用python写脚本来进行一些文件操作，但是最后发现shell脚本非常方便，所以特意来学习下皮毛，便于提高自己效率 定义变量 1 country="China" 2 Number=100 3 4 ##注意 5 ##变量名和等号之间不能有空格 6 7 # 阅读全文
摘要：
该软件对于处理FASTA/Q十分方便，省去自己编写脚本 安装 1 conda install seqkit 使用 序列操作（seq） 1 ## 取方向序列 2 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 3 4 ## 取互补序列 5 seqkit seq test.fa - 阅读全文
摘要：
软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整，用于检测共线性和同线性区域，还增加了可视化和下游分析。。MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具。 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm，下载安装 1 unzip MCs 阅读全文
摘要：
通用过滤 Vcftools（http://vcftools.sourceforge.net） 对vcf文件进行过滤 第一步：过滤最低质量低于30，次等位基因深度（minor allele count）不少于3 1 vcftools --gzvcf raw.vcf.gz --max-missing 0 阅读全文
摘要：
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip 2 unzip gatk-4.1.5.0.z 阅读全文
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PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcr 阅读全文