摘要：
SSR (Simple Sequence Repeat)，即简单重复序列，是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，也称为微卫星序列或者串联重复。 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元，比如5个碱基（ACGTA），连续进行重复多次的重复。根据重复单元的长短，可将其细分为如下几类。 < 6 阅读全文
摘要：
最近一篇NG中使用到的软件，用来去除冗余的contigs，现简单记录。 CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件，其主要的特定就是快！（ps：不是所有快的都是好的） 其去除冗余序列的大概思路就是： 首先对所有序列长度进行排序，从最长的开始，形成一个序列类，然后依次对序列进行处理，如果下一条序列和代表的序 阅读全文
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NECAT 可用于ONT数据的纠错，组装，如果想对ONT long reads进行call SV，也可以使用necatsv. githup网址：https://github.com/xiaochuanle/NECAT/blob/master/README.md 安装 两种方法： 第一种方法 wget 阅读全文
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NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT，Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效)，可通过correct--assemble对其进行组装。组装后，每个碱基正确率为98-99.8%， 可进一步通过NextPolish进行polish。 具体详情可阅读gi 阅读全文
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VCF2Dis，是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.ma 阅读全文
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简单说明： 从2.28.0版开始，bedtools使用htslib库支持CRAM格式 除了BAM文件，bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割 除非使用-sorted选项，bedtools默认不支持大于512M的染色体 如果没有使用-sorted参数对染色体按编码顺序进行排序（e.g., 阅读全文
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当我们进行群体遗传分析时，得到vcf后，可利用plink进行主成分（PCA）分析； 一、软件安装 1 conda install plink 二、使用流程 第一步：将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out 阅读全文
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本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质量信息（测序深度，回帖质量等）对SNP进行粗过滤。如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling，那么可以考虑下面的标准 QD< 2.0 || FS 阅读全文
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3D-DNA是一款简单，方便的处理Hi-C软件，可将contig提升到染色体水平。其githup网址：https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。（利用Juicer分析Hi-C数据） 利用自动化 阅读全文