miRNA分析--数据过滤（一）

  • miRNA 数据过滤我使用cutadapt

 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa 

--discard-untrimmed 把reads中不含有adaper的reads去掉

-a 剪切reads 3'端adapter(双端测序第一条read)，加$表示adapter锚定在reads3'端可找公司要

-g 剪切reads 5'端adapter(双端测序第一条read)，加$表示adapter锚定在reads 5'端

-q  低质量碱基

-m readsd短于15时，丢弃该reads

 

  • 获得合适长度的reads

我做的是植物。选择的miRNA长度为 15-30 bp

可自行写脚本进行统计

 

  • 作图

用R进行作图，ggplot

 

 在24 中有一个峰值

 

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posted @ 2020-01-04 20:32  斩毛毛  阅读(1199)  评论(0)  编辑  收藏  举报