09 2019 档案

ggplot 画堆叠柱状图
摘要：1、 关注下方公众号可获得更多精彩 阅读全文
posted @ 2019-09-25 21:37 斩毛毛 阅读(2890) 评论(0) 推荐(0)
R包对植物进行GO，KEGG注释
摘要：1、安装，加载所用到到R包 用BiocManager安装，可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) # 阅读全文
posted @ 2019-09-16 20:07 斩毛毛 阅读(17247) 评论(1) 推荐(1)
植物GO注释
摘要：本文主要是对没有GO term库的植物进行注释。 1、选用AgriGo 进行注释，在agriGO中点击species后，查看与你目标物种相近的物种作为库 2、比如我以甜菜为例 为了找到和GO term对应的ID，先找到PLAZA，进入网站https://bioinformatics.psb.ugen 阅读全文
posted @ 2019-09-09 14:05 斩毛毛 阅读(1504) 评论(0) 推荐(0)
annovar 注释除人类以外的SNP
摘要：1. 准备文件： ref.fa ref.gtf或者gff3，最好是gtf3，可将gff3转化为gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt （软件来自http://hgdown 阅读全文
posted @ 2019-09-03 12:06 斩毛毛 阅读(1972) 评论(0) 推荐(0)
miRNA 基本知识
摘要：miRNA MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达，而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达。据推测，miRNA 调节着人类三分之一的基因。 1、物种 hsa、mmu、r 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:37 斩毛毛 阅读(8611) 评论(0) 推荐(1)