07 2018 档案

摘要:显著性检验: https://wenku.baidu.com/view/f89d61e6c67da26925c52cc58bd63186bceb92e2.html R ggplot2 https://www.cnblogs.com/duanxingxing/p/5441883.html 非常详细:h 阅读全文
posted @ 2018-07-17 10:10 斩毛毛 阅读(319) 评论(0) 推荐(0)
摘要:1、Linux下去掉^M的方法 ①dos2unix filename ②sed -i 's/^M//g' filename #注意:^M的输入方式是 Ctrl + v ,然后Ctrl + M 或者 替换, s/\r/\r/g 2、sort 功能说明:将文本文件内容进行排序 语 法:sort [-nk 阅读全文
posted @ 2018-07-11 17:33 斩毛毛 阅读(469) 评论(0) 推荐(0)
摘要:1.需求 ①make ②gcc 4.7以上 ③python2.7 应用于Linux/Unix 或者OS X 系统 2.安装 ①减压缩 ②git clone http://github.com/ad3002/Cookiecutter.git cd Cookiecutter/src make sudo 阅读全文
posted @ 2018-07-09 22:02 斩毛毛 阅读(652) 评论(0) 推荐(0)
摘要:一、Jellyfish简介 JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件。该软件运用 Ha 阅读全文
posted @ 2018-07-09 19:25 斩毛毛 阅读(4748) 评论(0) 推荐(0)
摘要:帮朋友处理sam各式文件,又记不住sam各式每列代表的什么内容,干脆转个帖子留着以后查询。 在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1? 序列是一对序列中的一个 2? 比对结果是一个pair-end比对的末端 阅读全文
posted @ 2018-07-08 22:45 斩毛毛 阅读(1395) 评论(0) 推荐(0)
摘要:0. 该软件原理 它以kerm为节点单位,利用de Bruijn图的方法实现全基因组的组装。何为de Bruijn............... contig 的构建过程: (1)选取初始Kmer, 满足两个条件。 ①给定阈值,min_read_num, 出现在几条reads上面; ②Kmer出现在 阅读全文
posted @ 2018-07-06 09:52 斩毛毛 阅读(1649) 评论(0) 推荐(0)
摘要:上传数据得有MD5值。连同数据一起上传。上传后可检测数据是否有损坏。 命令:md5sum -c md5 阅读全文
posted @ 2018-07-04 17:19 斩毛毛 阅读(133) 评论(0) 推荐(0)