Python通过调用windows命令行处理sam文件

 

Python通过调用windows命令行处理sam文件

 

以samtools软件为例

一、下载或者索取得到windows版本的samtools软件，解压后如下：

  

  进入文件内部，有如下几个文件：

  

二、将samtools设置环境变量：

上图是设置环境变量的窗口，建议在 系统变量里更改，这样即使变更用户名，环境变量依然有效。

   在cmd中输入samtools，出现samtools的命令说明，表明环境变量成功

三、 调试 通过cmd的命令行调用samtools命令：

 A.将sam转化为bam文件  Samtools view -bS path<in>\**.sam -o path<out>\**.bam

处理完毕，查看path<out>，应该有sam文件如下：

 

 B.将bam文件sort     samtools sort path<in>\**.bam path<out>\**.sort

处理完毕，查看path<out>，应该有.sort.bam文件如下：

 

 C.将sort.bam文件转化成sort.sam文件samtools view -h path<in>\**bam > path<out>\**.sam

    处理完毕，查看path<out>，应该有.sort.sam文件如下：

 

四、用python调用cmd命令行实现以上操作

编写代码如下：

 

运行结果应该产生三个文件: