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ERCC的调研 在RNA-seq数据分析中，为了比较不同样本、不同基因之间的表达差异，通常会对数据进行标准化转化，得到RPKM/FPKM/TPM等指标。但是这些指标都是相对定量，相对定量有两个前提：1是绝大多数的gene表达量不变；2是高表达量的gene表达量不发生改变。 可是在一些比较特殊的样本体 阅读全文
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为了方便记忆，收藏备用 一 linestyle 二marker style 三 matplotlib中color可用的颜色 阅读全文
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巧妙利用别称 alias，让工作更有效率 在我的个人目录下/home/zdwu，打开.bashrc文件进行修改： 将 ll='ls -alF' 改为 ll='ls -ahlF'，是的观察的结果显示更符合人性，比如文件大小是1.2G，而不是一串长长的数字 阅读全文
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转载地址： https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9361101.html 1. 基因转录本亚型 蛋白质亚型或“蛋白质变体“是一组高度相似的蛋白质成员，这些成员来源于单个基因或基因家族，是遗传差异造成的结果。虽然许多具有相同或相似的生物学作用，但一些亚型具有独特的 阅读全文
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场景： 在一个遍历的的程序中，有一步需要调用函数，调用的方式是根据输入参数，从3个可供被调用的函数中，选择其中一个。所以写了一个dict={1:"function_a_name",2:"function_b_name",3:"function_c_name"} 。这时需要将函数转化成可执行的代码。 阅读全文
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duplicate的三个问题： 一.什么是duplicate？ 二.duplicate来源？ 三.既然PCR将1个reads复制得到成百上千copies，那为什么二代数据duplicate rate 一般才10+%？ 什么是 duplicate？ 摘自罗俊峰博士，阅尔基因研发总监陈云地博士，阅尔基因 阅读全文
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湿实验好久没做，防止基础知识不牢固，最近看到一篇建库的文章，觉得不错，搜集如下： 转载自知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/25190448 Illumina 平台二代测序文库构建原理简介 来一波Illumina二代测序文库构建原理介绍。一个制备好的Illumina二代测 阅读全文
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应健明的邀请，我也写一篇关于转行做生物信息的心得，本来以为很轻松就可以写出来的，但是发现并不那么好写。如果放在去年刚转岗之时，我想应该更顺手，那时感触良多且深刻。不过我虽是个健忘的人，但是还清醒地记得去年7月份通过公司的转岗答辩之时，心情无比的愉快与美丽，觉得终于从一名生信爱好者成为一名正规军。之前 阅读全文
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python模块之——openpyxl 处理xlsx/ xlsm文件 项目原因需要编辑excel文件，经过查询，最先尝试xlwt 、wlrd这个两个模块，但是很快发现这两个模块只能编辑xls文件，然而office07 之后的excel默认保存格式都是xlsx / xlsm，所以xlwt 、wlrd解 阅读全文
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getopt的两个模块getopt和gun_getopt都可以接收参数，但是又有不同; 先看 getopt.getopt这个模块： 在命令行运行并得到结果，从结果看到-c 和-s 都得到正确解析，如下图： 但是如果我们换一种输入参数，得到结果不能正确解析，如下图： 发现从5之后就没有解析，这些没有解 阅读全文