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1、概述 Smart-seq2是一种单细胞RNA测序技术，用于分析单个细胞的基因表达情况，并可以对单个细胞的基因表达进行分析。 2、基本原理 Smart-seq2利用了莫罗尼小鼠白血病病毒逆转录酶（MMLV-RT）的两个特性： 该逆转录酶在合成到cDNA的3’端时会随机引入几个不依赖于模板的碱基，多 阅读全文
posted @ 2025-03-22 11:36
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1、OrthoFinder 教程：用于比较基因组学的系统发育直系学推断 1.1 orthofinder介绍 OrthoFinder是一种快速、准确和全面的比较基因组学分析工具。它可以找到直系和正群，为所有的正群推断基因树，并为所分析的物种推断一个有根的物种树。OrthoFinder还为比较基因组分析 阅读全文
posted @ 2024-08-01 16:07
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1，什么是Hic数据？ Hi-C是研究染色质三维结构的一种方法。Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信 阅读全文
posted @ 2024-07-12 09:53
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二十二 一 夜 风 吹 树 于 今 雨 露 均 不 须 嗟 落 魄 前 辈 敢 争 春 阅读全文
posted @ 2023-11-11 17:31
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1、cannot verify <mydomainname> certificate, issued by ‘/C=US/O=Let’s Encrypt/CN=R3’: 解决1：wget --no-check-certificate <website> //再运行一遍 解决2：sudo yum in 阅读全文
posted @ 2022-07-22 10:55
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1、概述 Jenkins 是一个可扩展的持续集成引擎。主要用于持续、自动地构建/测试软件项目、监控一些定时执行的任务。Jenkins用Java语言编写，可在Tomcat等流行的servlet容器中运行，也可独立运行。通常与版本管理工具(SCM)、构建工具结合使用。常用的版本控制工具有SVN、GIT， 阅读全文
posted @ 2021-08-06 16:22
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单细胞分析上游fasta文件处理 ——基于cellranger与dropseqRunner ###如果测序文件由10X genomics平台产生，则采用cellranger count的基本流程进行fasta文件的上游处理；如果测序文件由dropseq平台产生，则采用dropseqRunner软件进 阅读全文
posted @ 2024-07-29 18:37
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摘要：
目的： 对illumina数据进行处理，利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点，或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据，通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备： 数据下载： Human genome(GR 阅读全文
posted @ 2023-10-16 14:50
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1、什么是shell和shell脚本 Shell 本身是一个用 C 语言编写的程序，是一个命令行解释器，它的作用就是遵循一定的语法将输入的命令加以解释并传给系统，它是用户使用 Linux 的桥梁，是UNIX/Linux系统的用户与操作系统之间的一种接口。 这个应用程序提供了一个界面，用户通过这个界面 阅读全文
posted @ 2022-06-20 09:40
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1、概述： Vim 是从 vi 发展出来的一个文本编辑器。具有代码补全、编译及错误跳转等功能 2、vim编辑器的常用命令： 图源：https://vimsky.com/article/1894.html 2.1 vim键盘图： 2.2 vim的三种模式： 图源：https://www.runoob. 阅读全文
posted @ 2022-01-26 13:32
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1、概述： NFS(Network File System)意为网络文件系统，它最大的功能就是可以通过网络，让不同的机器不同的操作系统可以共享彼此的文件。简单的讲就是可以挂载远程主机的共享目录到本地，就像操作本地磁盘一样，非常方便的操作远程文件。本文将给大家讲解怎么在CentOS7上安装和配置NFS 阅读全文
posted @ 2021-08-12 11:31
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