HDU 2457 DNA repair
题目链接：HDU-2457
题意：给出一些不合法的模式DNA串，给出一个原串，问最少需要修改多少个字符，使得原串中不包含非法串。
思路：沿着AC自动机dp，dp[i][j]表示前i个字符，当前为状态j的时候，需要修改的最少字符数。
代码：
1 #include<cstdio> 2 #include<cstdlib> 3 #include<vector> 4 #include<set> 5 #include<cstring> 6 #include<algorithm> 7 #include<cmath> 8 #include<iostream> 9 #include<queue> 10 using namespace std; 11 typedef long long LL; 12 const LL MAXN=2e3+10; 13 const LL INF=0x3f3f3f3f; 14 15 struct AC 16 { 17 int ch[MAXN][4]; 18 int val[MAXN]; 19 int chr[MAXN]; 20 int sz; 21 AC() { init(); } 22 void init() { sz=1; memset(ch[0],0,sizeof(ch[0])); memset(val,0,sizeof(val));} 23 int idx(char c) 24 { 25 if(c=='A') return 0; 26 if(c=='G') return 1; 27 if(c=='C') return 2; 28 if(c=='T') return 3; 29 return 4; 30 } 31 void insert(char *s) 32 { 33 int u=0,n=strlen(s); 34 for(int i=0;i<n;i++) 35 { 36 int c=idx(s[i]); 37 if(!ch[u][c]) 38 { 39 memset(ch[sz],0,sizeof(ch[sz])); 40 val[sz]=0; 41 ch[u][c]=sz++; 42 chr[sz-1]=c; 43 } 44 u=ch[u][c]; 45 } 46 val[u]++; 47 } 48 int f[MAXN]; 49 int last[MAXN]; 50 int find(char *T) 51 { 52 int ans=0; 53 int n=strlen(T); 54 int j=0; 55 for(int i=0;i<n;i++) 56 { 57 int c=idx(T[i]); 58 j=ch[j][c]; 59 if(val[j]) 60 { 61 ans+=val[j]; 62 val[j]=0; 63 } 64 int k=j; 65 while(last[k]) 66 { 67 k=last[k]; 68 ans+=val[k]; 69 val[k]=0; 70 } 71 } 72 return ans; 73 } 74 void getFail() 75 { 76 queue<int> q; 77 f[0]=0; 78 for(int c=0;c<4;c++) 79 { 80 int u=ch[0][c]; 81 if(u) {f[u]=0;q.push(u);last[u]=0;} 82 } 83 while(!q.empty()) 84 { 85 int r=q.front();q.pop(); 86 for(int c=0;c<4;c++) 87 { 88 int u=ch[r][c]; 89 if(!u) 90 { 91 ch[r][c]=ch[f[r]][c]; 92 continue; 93 } 94 q.push(u); 95 int v=f[r]; 96 while(v && !ch[v][c]) v=f[v]; 97 f[u]=ch[v][c]; 98 last[u]=val[f[u]]?f[u]:last[f[u]]; 99 if(!val[u]) val[u]=val[last[u]]; 100 } 101 } 102 } 103 }; 104 AC T; 105 int f[MAXN][MAXN]; 106 char s[MAXN]; 107 int main() 108 { 109 #ifdef LOCAL 110 freopen("in.txt","r",stdin); 111 // freopen("out.txt","w",stdout); 112 #endif 113 int n; 114 int tt=0; 115 while(scanf("%d",&n)!=EOF && n) 116 { 117 tt++; 118 T.init(); 119 for(int i=1;i<=n;i++) 120 { 121 scanf("%s",s); 122 T.insert(s); 123 } 124 T.getFail(); 125 scanf("%s",s); 126 int l=strlen(s); 127 memset(f,INF,sizeof(f)); 128 for(int k=0;k<4;k++) if(!T.val[T.ch[0][k]]) 129 f[0][T.ch[0][k]]=(k==T.idx(s[0]))?0:1; 130 for(int i=0;i<l-1;i++) 131 for(int j=0;j<T.sz;j++) 132 if(!T.val[j] && f[i][j]!=INF) 133 for(int k=0;k<4;k++) 134 if(!T.val[T.ch[j][k]]) 135 f[i+1][T.ch[j][k]]=min(f[i][j]+((k==T.idx(s[i+1]))?0:1),f[i+1][T.ch[j][k]]); 136 int ans=INF; 137 for(int j=0;j<T.sz;j++) 138 if(!T.val[j]) 139 ans=min(ans,f[l-1][j]); 140 if(ans>=INF) ans=-1; 141 printf("Case %d: %d\n",tt,ans); 142 } 143 return 0; 144 }
