摘要：
免疫检验点 免疫检验点是指免疫系统中的许多抑制途径， 其用于维持自我耐受并调节组织中的生理免疫反应以限制或避免附随的组织损伤。其中跟癌症免疫治疗相关的研究最广泛的两个检验点是CTLA4 (细胞毒性T淋巴细胞相关抗原) 和PD1(程序性细胞死亡蛋白1). 肿瘤的免疫逃逸 &em 阅读全文
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fread中nThread 参数的使用 注意默认nThread=getDTthreads()，即使用所有能用的核心，但并不是核心用的越多越好，本人亲自测试的情况下，其实单核具有较强的性能，只有在数据大于3Gb的情况下，开启11核（我的机器全部核心30多核）效率才比一个核心更高 阅读全文
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有时候我们需要进行一些复杂的数学计算，比如求导， 求积分，解方程，还是用abcd字母代表变量的方程等，这就需要进行复杂的数学运算还需要具备良好的数学基础。不过现在有一个非常方便的在线工具，只需要几秒钟， 就能告诉我们所有的答案。 sage &ems;sage是一个 阅读全文
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版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 我们平常多见的基因突变热图是一个基因一个格子，一种突变类型，但实际上在同一个病人中，同一个基因往往具有多种突变类型，因此传统的热图绘制工具并不能满足我们绘图的需要。应研究需要，本人自己写了一个热图绘制函数，内部调用image 进行 阅读全文
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pyclone介绍 可以根据多个样品突变的allele frequency 和 copy number，推断出有该突变的细胞克隆所占的比例（cellular prevalence）在不同样品间的变化。比如： 每个cluster包括一些突变，它们在各个样品中克隆比例有着一致的变 阅读全文
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前期处理 perl脚本统计RC(RC(read counts)) 读入control baseline 和 sigma（最后baseline 预测的mad值） 将gc 0.68，sigma乘上1.5,后来又乘以6，对于小于0.01或者大于0.99分位数，sigma取0.01和0.99分位点的sigm 阅读全文
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进行数据初步处理(perl) 统计amplicon的RC(read counts),并且相互overlap大于75%的amplicon合并起来 统计每个amplicon的GC含量,均值, 性别识别并校正，文库大小、长度、GC含量标准化 文库大小标准化 某个sample的文库大小（read count 阅读全文
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如果要使用新版本的R，除了直接安装，也可以直接拷贝R的文件夹。这样既可以保留原始的R版本和R包，也可以使用新版本的R和R包，R包存放在R目录下的library文件夹。 文件放路径 R： /usr/lib64/R llibrary: 系统R library目录：/usr/lib 阅读全文
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有时候我们需要使用C++处理bam文件，比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列，根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等，这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件，是samto 阅读全文
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版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 机器学习的研究领域是发明计算机算法，把数据转变为智能行为。机器学习和数据挖掘的区别可能是机器学习侧重于执行一个已知的任务，而数据发掘是在大数据中寻找有价值的东西。 机器学习一般步骤 收集数据，将数据转化为适合分析的电子数据 探索和 阅读全文
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测序产生的bam文件，有一些reads在cigar值里显示存在softclip，有一些存在hardclip，究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的，还有是怎么标记duplicate的reads的，我怀着这些问题进行了探究。 测试步骤 编辑两个bed文件，分别含 阅读全文
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定义 Circulating free DNA or Cell free DNA (cfDNA)：循环游离DNA或者细胞游离DNA，释放到血浆中的降解的DNA片段。 https://en.wikipedia.org/wiki/Circulating_free_DNA 基本属性 长度 Azad A A 阅读全文
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今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接，网上查发现都是老的方法，NCBI页面已经变更，于是看了NCBI的help，并且记录下来新版的sra数据下载方法，要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄，总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方 阅读全文
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肿瘤体细胞突变频率较高的基因 NSCLC：非细胞肺癌；PDAC：胰腺导管癌；T ALL：T细胞急性淋巴细胞白血病 COSMIC V77 Schneider G, Schmidt Supprian M, Rad R, et al. Tissue specific tumorigenesis: cont 阅读全文
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把当前文件夹的文件名用"，"连接成一行，或者将多行转变为一行 将行逆序输出 删除 开头的注释行 去掉每行开头4个字符 对文件第一列进行统计 对文件第四列用"："切割成两列并将最后一列结果+1，然后输出全部列 对文件第二列求均值 实现DNA序列反向互补 某一行插入另外一个文件的内容 对一个文件按照第一 阅读全文
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centos 自带播放器MP4都无法播放，因此安装VCL播放器 安装epel和remi的repository 安装noarch的repository 安装完成后，上述repo会出现在/etc/yum.repos.d文件夹 安装VLC 亲测播放视频有声音，不用像网上一些方法说的要调节声卡 参考资料 L 阅读全文
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主要步骤 pheatmap 数据处理成矩阵形式，给行名列名 用pheatmap画热图（pheatmap函数内部用hclustfun 进行聚类） ggplot2 数据处理成矩阵形式，给行名列名 hclust聚类，改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据，处理成ggplot2能够直接处理的数据结构， 阅读全文
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当我们想研究不同sample的某个变量A之间的差异时，往往会因为其它一些变量B对该变量的固有影响，而影响不同sample变量A的比较，这个时候需要对sample变量A进行标准化之后才能进行比较。标准化的方法是对sample 的 A变量和B变量进行loess回归，拟合变量A关于 阅读全文
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root之后的安卓系统并不稳定，root后有时候会出现一些系统的错误，如果实在忍受不了的话，这时候只能恢复出厂设置了。因此不root是最优的选择，但是不root情况下，并没有哪个软件可以实现对其它软件自启动的管理（完全切断），因为没有root的最高权限。直到我看到LBE安全大 阅读全文
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2048 是一款益智游戏，只需要用方向键让两两相同的数字碰撞就会诞生一个翻倍的数字，初始数字由 2 或者 4 构成，直到游戏界面全部被填满，游戏结束。 编程时并未查看原作者代码，不喜勿喷。 程序结构如下： R语言代码： 游戏画面 参考资料 张丹.R的极客理想：http://www.kuqin.com 阅读全文