09 2019 档案

要掌握的技巧和知识技能[持续更新]
摘要：计算机基础： awk： https://zhuanlan.zhihu.com/p/63107708 https://zhuanlan.zhihu.com/p/62382028 python绘图： https://zhuanlan.zhihu.com/p/53308606 R绘图： https://z 阅读全文
posted @ 2019-09-27 14:43 yuwq 阅读(231) 评论(0) 推荐(0)
计算panel的靶向区段长度
摘要：先留坑，再补 阅读全文
posted @ 2019-09-26 11:04 yuwq 阅读(151) 评论(0) 推荐(0)
interval的排序，合并，取样等功能
摘要：内容转自：https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.1.1/picard_util_IntervalListTools.php gatk IntervalListTools中合并的picard Interv 阅读全文
posted @ 2019-09-26 10:49 yuwq 阅读(636) 评论(0) 推荐(0)
Bait 和 target的区别
摘要：转自：https://www.biostars.org/p/318576/ 阅读全文
posted @ 2019-09-26 10:37 yuwq 阅读(560) 评论(0) 推荐(0)
R 数据拆分到列
摘要：转自：https://mp.weixin.qq.com/s/tuEuAJr3MJ M5BFr70CJbA 提问：根据第二列分号中的分隔符进行拆分后变成4列 阅读全文
posted @ 2019-09-23 08:45 yuwq 阅读(850) 评论(0) 推荐(0)
制作annovar注释依赖的cosmic数据库
摘要：1. 文件准备 COSMIC相关文件下载 COSMIC更新了下载规则。以前直接用ftp可以下载，现在麻烦一些，要根据它们提供的指导规则下载。 以 的下载为例： 获得授权字符 获得下载链接 下载数据 从上一步返回的JSON中提取下载链接并直接下载 2. 数据处理 阅读全文
posted @ 2019-09-20 10:13 yuwq 阅读(1410) 评论(0) 推荐(0)
制作适用于annovar的COSMIC数据库
摘要：转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102y76d.html 由于COSMIC数据库的原因，最后版本的annovar停更到v77版本，截止本文时间已经是V88版本。 annovar官方给出了更新方法，之前COSMIC只有编码区域的变异注释文件，现在又 阅读全文
posted @ 2019-09-17 16:25 yuwq 阅读(1076) 评论(0) 推荐(0)
OG and TSG
该文被密码保护。
posted @ 2019-09-17 10:22 yuwq 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)
germline 分析
该文被密码保护。
posted @ 2019-09-16 14:42 yuwq 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)
主要组织相容性复合物 HLA
摘要：https://www.genenames.org/data/genegroup/ !/group/588 Major histocompatibility complex: The major histocompatibility complex ( MHC ) is a set of cell 阅读全文
posted @ 2019-09-16 10:11 yuwq 阅读(978) 评论(0) 推荐(0)
linux账号管理
摘要：在Root权限下， 其他更加详细的介绍见： https://www.cnblogs.com/the tops/p/5619384.html 阅读全文
posted @ 2019-09-15 11:49 yuwq 阅读(110) 评论(0) 推荐(0)
R语言添加p-value和显著性标记
摘要：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/79334448 阅读全文
posted @ 2019-09-14 21:02 yuwq 阅读(1897) 评论(0) 推荐(0)
R 排序
摘要：数据框排序 阅读全文
posted @ 2019-09-14 20:25 yuwq 阅读(188) 评论(0) 推荐(0)
R 添加新列
摘要：常规方法 1. dplyr tidyr方案 先留空，后面填 2. 方法二 阅读全文
posted @ 2019-09-14 16:45 yuwq 阅读(1107) 评论(0) 推荐(0)
肿瘤研究中的概念 [持续补充]
摘要：http://www.360doc.com/content/18/0622/10/51823645_764348010.shtml 林奇综合征（Lynch Syndrome）是指由于错配修复基因（MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、EPCAM等）的胚系突变（图1）引起的一种遗传性结直肠癌。林奇综 阅读全文
posted @ 2019-09-12 15:54 yuwq 阅读(146) 评论(0) 推荐(0)
文献
摘要：MSK发表成果：https://www.mskcc.org/msk impact 阅读全文
posted @ 2019-09-12 15:22 yuwq 阅读(144) 评论(0) 推荐(0)
ComplexHeatmap 绘制肿瘤突变分布图
摘要：来源：https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap reference/book/ 安装 7.2 Apply to cBioPortal dataset 通过使用实际数据展示 的优势。数据来源于cBioPortal。执行步骤如下： 1. 登入 http://ww 阅读全文
posted @ 2019-09-11 10:36 yuwq 阅读(10280) 评论(1) 推荐(0)
R 配色
摘要：virids调色板 安装和加载，及测试代码 热图调色 R seed(1234) matrix 阅读全文
posted @ 2019-09-11 09:53 yuwq 阅读(339) 评论(0) 推荐(0)
dendrix判断显著pathway
该文被密码保护。
posted @ 2019-09-10 10:56 yuwq 阅读(4) 评论(0) 推荐(0)
字典的常用方法
摘要：判断字典中是否存在某个键 python3 中采用 in 方法 python 3中不支持 has_key()，python2 中支持 遍历字典 1.遍历key值 在使用上，for key in a和 for key in a.keys():完全等价。 2.遍历value值 3.遍历字典项 4.遍历字典 阅读全文
posted @ 2019-09-10 10:24 yuwq 阅读(474) 评论(0) 推荐(0)
CGC 723基因的版本中有15基因名称不是标准名
摘要：在使用clusterProfiler包时，CGC的部分ID被和谐了 CGC中723个基因通过 的`bitr`函数转换后，有15个基因无法匹配到对应的EntrezID。我通过与genecard比较，找出了作妖的原因。 究竟是什么原因呢？ ID不对！CGC提供的id不是标准的ID，无法通过 索引到相应的 阅读全文
posted @ 2019-09-04 22:28 yuwq 阅读(451) 评论(0) 推荐(0)
R 替换NA
摘要：amp.gene是一个数据框，其中某些元素包含 ，我想把这些 替换成空字符，做法如下： R amp.genes[is.na(amp.genes)] 阅读全文
posted @ 2019-09-04 10:30 yuwq 阅读(903) 评论(0) 推荐(0)
R 字符替换
摘要：将原先包含 的字符替换成 : R segment$Sample 阅读全文
posted @ 2019-09-03 15:24 yuwq 阅读(2149) 评论(0) 推荐(0)
Splice_Region的定义
摘要：在vcf2maf中，对splice_site 和 splice_region都做了明确的说明。 splice_region Splice_region: 变异发生在splice site区域内或者外显子的1 3碱基处或者内含子的3 8碱基处 Splice_Site Splice_Site 又细分到 阅读全文
posted @ 2019-09-03 10:22 yuwq 阅读(3089) 评论(0) 推荐(0)
R 保存图片
摘要：R + AI + PS 是我生成文章Figure的一般流程。注意事项最多的应该在R生成原始图的步骤。 R保存原始图 保存成pdf图时，我更倾向于使用ggsave，因为它保存的图看上去更加协调。 也可以直接通过 函数保存，不过默认背景是透明的，但很多杂志要求背景白色，做法是 在将ggplot2生成的图 阅读全文
posted @ 2019-09-02 15:01 yuwq 阅读(1950) 评论(0) 推荐(0)