interval的排序,合并,取样等功能

内容转自:https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.1.1/picard_util_IntervalListTools.php
gatk IntervalListTools中合并的picard IntervalListTools的多个操作interval的功能。

1.合并两个interval lists

java -jar picard.jar IntervalListTools \
      ACTION=CONCAT \
      I=input.interval_list \
      I=input_2.interval_list \
      O=new.interval_list

2. 合并两个interval lists,排序并合并重叠区域

java -jar picard.jar IntervalListTools \
       ACTION=CONCAT \
       SORT=true \
       UNIQUE=true \
       I=input.interval_list \
       I=input_2.interval_list \
       O=new.interval_list 

3.从INPUT中提取另外一个INPUT的序列

java -jar picard.jar IntervalListTools \
       ACTION=SUBTRACT \
       I=input.interval_list \
       SI=input_2.interval_list \
       O=new.interval_list 

4.查找input1.interval_list或input2.interval_list,和在input3.interval_list中的碱基:

java -jar picard.jar IntervalListTools \
       ACTION=INTERSECT \
       I=input1.interval_list \
       I=input2.interval_list \
       SI=input3.interval_list \
       O=new.interval_list 
posted @ 2019-09-26 10:49  yuwq  阅读(594)  评论(0编辑  收藏  举报